A HPV16 genom szabályozó régiójának (LCR) cervix carcinomából izolált, természetes deléciós variánsaiban a deléciók mellett GRE, TEF-1 és NF1 kötőhelyeket érintő pontmutációkat is találtunk (a HPV16 referencia-szekvenciájához viszonyítva), ezek a báziscserék azonban a teljes LCR-t tartalmazó klónokban is megjelentek. A deléciók az LCR-ben a szövetspecifikus enhancert és az YY1-, illetve a CDP/Cut-dependens silencer régiót érintették. Az ázsiai-amerikai variáns szabályozó régiójának transzkripciós aktivitása (33LCR) magasabbnak bizonyult, mint az európai variánsoké (pt16LCR, 936LCR). A deléciós variánsok transzkripciós aktivitása általában alacsonyabb volt, mint a teljes LCR-t tartalmazó variánsé. Egy deléciós variánsnál (33LCRΔ2) viszont nem várt, viszonylag magas transzkripciós aktivitást tapasztaltunk annak ellenére, hogy a mutáció a teljes ismert ehancert, illetve a represszor hatású YY1 és CDP/Cut faktorokra specifikus szekvenciákat is érintette. Ezek alapján feltételezhető, hogy a HPV16 LCR 5’ végén egy eddig nem definiált enhancer elem helyezkedik el.

A HPV16 E7 fehérje a biológiailag aktív retinoblasztoma proteint expresszáló NIH/3T3 egér eredetű embrionális fibroblaszt sejtekben szignifikánsan csökkentette a TGF-β2 promóter transzkripciós aktivitását. A gátló hatásért felelős régió a TGF-β2 promóterében 528 és 251 bp között helyezkedik el.

A HPV16 E6 proteinje enyhén aktiválta a TGF-β2 promóterét. Ez a hatás független volt a p53 tumorszuppresszor protein jelenlététől, illetve hiányától, és valószínűleg a TGF-β2 promóterében jelenlévő TATA boxon keresztül valósul meg. Az E7 gátló hatása csak a retinoblasztoma fehérjétől függ, a másik két pocket proteintől (p107, p130) nem, és nem befolyásolja szignifikánsan az E7 kazein kináz II foszforilációs helyének és cink-ujj struktúrájának épsége sem. Mivel az E2F1 transzkripciós faktor hasonló mértékben gátolta a TGF-β2 promóterét, mint az E7 onkoprotein, feltételezhető, hogy a HPV16 E7 fehérjéje az E2F1 Rb/E2F komplexből történő felszabadítása révén fejti ki gátló hatását.