Szerző szerinti böngészés "Barta, Endre"
Megjelenítve 1 - 20 (Összesen 40)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető Alternatively spliced exon regulates context-dependent MEF2D higher-order assembly during myogenesis(2023) Gönczi, Mónika; Teixeira, João M. C.; Barrera-Vilarmau, Susana; Mediani, Laura; Antoniani, Francesco; Nagy, Tamás Milán; Fehér, Krisztina; Ráduly, Zsolt; Ambrus, Viktor Attila; Tőzsér, József; Barta, Endre; Kövér, Katalin, E.; Csernoch, László; Carra, Serena; Fuxreiter, MónikaTétel Szabadon hozzáférhető An Ultra-Rare Manifestation of an X-Linked Recessive Disorder: duchenne Muscular Dystrophy in a Female Patient(2022) Szűcs, Zsuzsanna; Pinti, Éva; Haltrich, Irén; Pálné, Szén Orsolya; Nagy, Tibor; Barta, Endre; Méhes, Gábor; Bidiga, László; Török, Olga; Ujfalusi, Anikó; Koczok, Katalin; Balogh, IstvánTétel Szabadon hozzáférhető Both introns and long 3'-UTRs operate as cis-acting elements to trigger nonsense-mediated decay in plants(2006) Kertesz, Sándor; Kerényi, Zoltán; Mérai, Zsuzsanna; Bartos, Imre; Pálfy, Tamás; Barta, Endre; Silhavy, DánielTétel Szabadon hozzáférhető Comparative analysis on the structural features of the 5' flankingregion of [kappa]-casein genes from six different species(2002) Gerencsér, Ákos; Barta, Endre; Boa, Simon; Kastanis, Petros; Bősze, Zsuzsanna; Whitelaw, C. Bruce A.Tétel Szabadon hozzáférhető Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction(2016) Nagy, Tibor; Kis, András; Póliska, Szilárd; Barta, Endre; Havelda, Zoltán; Marincs, FerencTétel Szabadon hozzáférhető Complex pattern of alternative splicing generates unusual diversity in the leader sequence of the chicken link protein mRNA(1991) Deák, Ferenc; Barta, Endre; Mestric, Silvija; Biesold, Markus; Kiss, lbolyaTétel Szabadon hozzáférhető Comprehensive analysis of human transcription factor binding sites with ChIP-seq and topological arrangements of transcription factor complexes on the DNACzipa, Erik; Barta, Endre; Czipa, Erik; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA transzkripciós faktorok (TF) olyan fehérjék, melyek a genom specifikus régióihoz kapcsolódnak és a megfelelő gének expresszióját befolyásolják. ChIP-seq technika segítségével azonosíthatjuk ezeknek a fehérjéknek a genomi lokalizációit, melyeket az eljárás során úgynevezett csúcs régióként detektálunk. Ezek azonban a fehérjéknek csak a megközelítőleges helyzetet mutatják meg az eljárás alacsony felbontása miatt. Ezekben a régiókban a legnagyobb fragment lefedettségű bázis azonosítása (csúcspont) nyújt segítséget a valódi DNS-fehérje interakciós pont megtalálásához. Olyan csúcspont alapú technikát fejlesztettünk ki, mellyel ChIP-seq adatokból kinyerhető egy fehérje pontos genomi pozíciója közel bázis-pár felbontással. Ezt a módszert használtuk a CTCF/kohezin komplex vizsgálatánál, amely jelentős szerepet játszik a DNS-hurkok létrehozásában. A komplex alkotóelemeinek relatív helyzetét 1 bázispáros pontossággal határoztuk meg, majd az eredményeket három dimenziós DNS modellen ábrázoltuk. Ezzel következtetni tudtunk a komplex topológiájára, ami lehetővé tette számunkra, hogy elkészítsük a CTCF/kohezin mediálta DNS hurkolódási modellünket. Ebben az úgynevezett kettős gyűrű elméletet használtuk fel, melyben a DNS hurok létrehozásában két kromatin gyűrű vesz részt. Ezt követően a csúcspont alapú fehérje pozíció meghatározást más proteinekre is kiterjesztettünk. Olyan adatbázis elkészítését tűztük ki célul, mely a lehető legtöbb azonosított transzkripciós faktor kötőhelyet tartalmazza és vizsgálni lehet a velük korrelációba hozható fehérjéket különböző sejttípusokban. Ehhez több mint 3700 humán ChIP-seq adatot töltöttünk le szekvencia adatbázisokból és a JASPAR CORE motívum adatbankot használtuk a kötőhelyek megtalálásához. Az adatokat egységes módon dolgoztuk fel, hogy azok összehasonlíthatóak legyenek. Ennek eredményeként genom szinten tudtuk azonosítani a cisztrómok genomi pozícióit 292 különböző típusú transzkripciós faktor esetében. Az azonosított kötőhelyeken vizsgálható, hogy mely faktorok fordulnak elő az adott régiókban, mely sejttípusokban és ezek milyen preferált pozícióiban helyezkednek el a motívum centrumához és egymáshoz viszonyítva. Az adatbázishoz készítettünk egy interaktív webes felületet, melyen keresztül a feldolgozott ChIP-seq adatok nem csak nyilvánosan elérhetővé és letölthetővé váltak, de a különböző megjelenítési módokban az eredményeink böngészhetőek is: http://summit.med.unideb.hu/summitdb/.Tétel Korlátozottan hozzáférhető Development of a new database for the definition of transcription units based on human ChIA-Pet and ChIP-seq data in 3D proximity of CTCF binding domainsShihab Aldeen, Yanal; Barta, Endre; Debreceni Egyetem::Általános Orvostudományi Kar::Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet; DE--Általános Orvostudományi Kar; Székvölgyi, Lóránt; Debreceni Egyetem::Gyógyszerésztudományi Kar::Gyógyszertechnológiai TanszékChIA-PET data helps understand the proximity of sequences and their positions in a 3D structure, while CHIP-SEQ identifies sequences that specific proteins interact with. By combining both methods, we can identify the relationship between promoter-protein complexes and other nearby sequences. CTCF is a highly conserved protein that plays a crucial role in DNA replication, chromatin architecture, and gene regulation. It mediates long-range chromatin interactions and acts as a barrier component to prevent the transfer of epigenetic markers. Raw ChIA-PET data was evaluated using ChIA-PET TOOLS v3 to identify promoter sequences close to CTCF binding domains, indicating that CTCF and the cohesin ring play a role in promoter activity.Tétel Szabadon hozzáférhető Development of Wild Boar Species-Specific DNA Markers for a Potential Quality Control and Traceability Method in Meat Products(2020) Szemethy, Dániel; Mihalik, Bendegúz; Frank, Krisztián; Nagy, Tibor; Újváry, Dóra; Kusza, Szilvia; Szemethy, László; Barta, Endre; Stéger, ViktorTétel Korlátozottan hozzáférhető A diploid C. albicans RNA-seq adatainak bioinformatikai elemzéseNagy-Köteles, Csaba Alfréd; Pócsi, István; Barta, Endre; Emri, Tamás; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetC. albicans RNA-seq adatainak allélspecifikus vizsgálatához készült scriptek és illesztőprogram módosításokTétel Szabadon hozzáférhető DoOP: databases of Orthologous Promoters, collections of clusters of orthologous upstream sequences from chordates and plants(2004) Barta, Endre; Sebestyén, Endre; Pálfy, Tamás; Tóth, Gábor; Ortutay, Csaba P.; Patthy, LászlóTétel Szabadon hozzáférhető DoOPSearch: a web-based tool for finding and analysing common conserved motifs in the promoter regions of different chordate and plant genes(2009) Sebestyén, Endre; Nagy, Tibor; Suhai, Sándor; Barta, EndreTétel Szabadon hozzáférhető Draft Genome Sequence of a Highly Virulent Rabbit Staphylococcus aureus Strain(2015) Német, Zoltán; Albert, Ervin; Nagy, Tibor; Olasz, Ferenc; Barta, Endre; Kiss, János; Dán, Ádám; Bányai, Krisztián; Hermans, Katleen; Biksi, ImreTétel Szabadon hozzáférhető Evolutionarily Conserved, Growth Plate Zone-Specific Regulation of the Matrilin-1 Promoter: L-Sox5/Sox6 and Nfi Factors Bound near TATA Finely Tune Activation by Sox9(2010) Nagy, Andrea; Kénesi, Erzsébet; Rentsendorj, Otgonchimeg; Molnár, Annamária; Szénási, Tibor; Sinkó, Ildikó; Zvara, Ágnes; Oommen, Sajit Thottathil; Barta, Endre; Puskás, László G.; Lefebvre, Veronique; Kiss, IbolyaTétel Szabadon hozzáférhető Examination of the transcription factors acting in bone marrow derived macrophagesNagy, Gergely; Barta, Endre; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA BMDM sejtek transzkripciós szabályozásának vizsgálatára számos NGS módszert használtunk, beleértve a ChIP-seq-et, GRO-seq-et, RNA-seq-et és 3C-seq-et. Mivel nagy mennyiségű eszköz van, de az elemzések jelentős részéhez még mindig nincs széleskörben használt standard, az adatfeldolgozáshoz új megközelítésekre és új stratégiák kidolgozására volt szükség a többé-kevésbé egyedi kérdések megválaszolására. A GRO-seq szerteágazó információt biztosított, amely egy összetett rendszert igényelt a transzkriptumok meghatározására, annotálására és az expressziós szintek kiszámítására. A promóterek enhanszerektől való, tehát a gének enhanszer transzkriptumoktól való elválasztásához beépítettük a műveletek közé a H3K4me3 ChIP-seq-ből származó adatokat is. Új stratégiát alkalmaztunk az NFR- és doménpredikciókra ChIP-seq adatokból, és a 3C-seq elemzéshez is. A makrofágokban működő főbb TF családokat a prediktált NFR-ek motívumfeldúsulásai alapján határoztuk meg, de az egyes TF-ok azonosítása génexpressziós adatokat igényelt. Érdekeltek az RXR ligandkezelés közvetlen hatásai, és azt találtuk, hogy az RXR – a heterodimerizáló partnereivel vagy azok nélkül – inkább aktivátorként működött. P300 és RAD21 feldúsulást mutatott, melyek előkészíthetik a kromatinkörnyezetet a génindukcióra. Számos angiogenikus gént (pl. Vegfa, Angptl4, Tgm2 és Hbegf) és szintén érképzésben érintett TF-t (ATF4, ETS2, KLF10 and FLI1) indukált. A FOS és JDP2, a JUN-ok és ATF4 heterodimerizáló partnerei szintén szabályozódtak, amely egy átmeneti indukciót okozhatott. A legfontosabb angiogenikus génhez, a Vegfa-hoz egy szokatlanul távoli enhanszercsoportot találtunk, amely egy 300 kb-os hurkon keresztül közelíti meg a gént, mely huroknak a végei valóban kölcsönhatást mutattak a 3C-seq adatok alapján.Tétel Szabadon hozzáférhető Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells(2022) Laczik, Miklós; Erdős, Edina; Ozgyin, Lilla; Hevessy, Zsuzsanna; Csősz, Éva; Kalló, Gergő; Nagy, Tibor; Barta, Endre; Póliska, Szilárd; Szatmári, István; Bálint, Bálint LászlóTétel Szabadon hozzáférhető Genetic traces of dispersal and admixture in red deer (Cervus elaphus) populations from the Carpathian Basin(2022) Krisztián, Frank; Szepesi, Kinga; Bleier, Norbert; Sugár, László; Kusza, Szilvia; Barta, Endre; Horn, Péter; Orosz, László; Stéger, ViktorTétel Szabadon hozzáférhető Genome Sequences of Three Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Healthy Broiler Chicks in Hungary and in the United Kingdom(2015) Olasz, Ferenc; Nagy, Tibor; Szabó, Móni; Kiss, János; Szmolka, Ama; Barta, Endre; Tonder, Andries van; Thomson, Nicholas; Barrow, Paul; Nagy, BélaTétel Szabadon hozzáférhető Genome sequencing and analysis of Mangalica, a fatty local pig of Hungary(2014) Molnár, János; Nagy, Tibor; Stéger, Viktor; Tóth, Gábor; Marincs, Ferenc; Barta, EndreTétel Korlátozottan hozzáférhető Genome-wide analysis of HNF-4 alpha binding sites in correlation with maturity-onset diabetes of the young(2014-06-05T08:30:40Z) Trang, Bao Khanh; Bálint, Bálint László; Debreceni Egyetem::Általános Orvostudományi Kar::Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet; DE--Népegészségügyi Kar; Barta, Endre; Speer, Gábor; Debreceni Egyetem::Általános Orvostudományi Kar::Orvosi Mikrobiológiai IntézetThe genome-wide association studies have been stared as one of the most advanced biomedical discovery methods, and ever-since are widely applied for the better understanding of genetic components of various diseases including diabetes. A major limitation of these studies consists in the difficulty to explain the correlation between non-coding Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and the investigated diseases. Hepatocyte nuclear factor-1 alpha and beta, and -4 (HNF1A, HNF1B, HNF4) mutations have been discovered to be the cause of monogenic diabetes, especially in maturity-onset diabetes of the young (MODY). However little is known about the presence of this disease in association with different motifs of HNF- binding sites. Our aim is to investigate this question on a genomic scale and identify the degree of correlation between HNF binding site variants with MODY. The raw ChIP-seq data of published studies was selected from 5 different sequence repository sites and filtered through a set of criteria before being processed by our analysis pipeline (Endre Barta 13-17. EMBnet. Journal, 2011). Here we present our findings for the HNF-binding sites in the investigated tissues and our identification of SNP-s in the HNF binding sites. Further laboratory experiments are needed to validate the differential binding sites and the impact of the SNP-s on the binding of HNF proteins to their targets.