Az antimikrobiális hatásukon kívül az antimikrobiális fehérjék különböző biológiai funkciókkal is rendelkeznek, ezek mindegyike részt vesz a fertőző és gyulladásos betegségek irányításában, e tulajdonságok tehetik ezeket a peptideket vonzó terápiás eszközökké. Az antimikrobiális fehérjék szintézise és az analógok kifejlesztése egy lehetőség lehet emberi betegségek leküzdésére. Másik érdekes szemlélet, hogy ezen peptidek endogén termelődésének előidézésével elkerülhetőek káros szisztémás reakciók, illetve a célhelyre történő szállításuk nehézségei. Az antimikrobiális fehérjéket felhasználhatjuk hiányzó vagy működésképtelen endogén peptidek miatt kialakuló betegségek kezelésére, mint a cisztás fibrózis vagy a Crohn-betegség gyógyítására. Ugyanakkor ezeknek a peptideknek a szigorúan szabályozott termelését is vizsgálnunk kell, mivel nagy mennyiségük krónikus gyulladásos folyamatokhoz vezethet, ahogy ez a psoriasis és rosacea esetében is bizonyított.