A számos új gyógyszerként és táplálékként elfogyasztott növény modern fitokémiai módszerekkel történő vizsgálata igen fontos. Az ún. metabolomikai módszertan fontos megközelítéssé vált a fitokémiában, amely lehetővé teszi adatfeldolgozási technikákkal az adatgyűjtést az általános jelenségek és a korrelációk megtalálására anélkül, hogy az általunk vizsgálni kívánt bioaktív vegyületeket tisztítani kellene a mátrixokból. Jelen munka célja két különböző növény metabolomjának vizsgálata, eltérő megközelítés szerint. Ilyen szempont a metabolom és a növényekben jelen lévő mikrobiom interakciója, valamint a metabolom időbeli változásának követése. Egy modellnövényünk, az Armoratia rusticana (torma), míg a másik pedig a Tilia platyphyllos (nagylevelű hárs). Munkánk során a kimutattuk, hogy a murvalevél beltartalmát jelentősen befolyásolja gyűjtésének ideje, a különböző vegyületeknek más és más kinetikája van. A torma esetében igazoltuk, hogy az endofiton és talajgombák különbözőképpen viselkednek, más-más ütemben és arányban bontják a tormában jelenlévő glükozinolátokat. The study of many new medicinal and edible plants by modern phytochemical methods is very important. The so-called changing an important approach to metabolomic methodology in phytochemistry that allows data collection using data processing techniques without finding common phenomena and correlations that the appropriate bioactive compounds we study need to be elucidated from the matrices. The aim of the present work is to investigate the metabolomes of two different plants according to a different approach. Such an aspect is the interaction of the metabolome with the microbiome present in the plants and the monitoring of the change of the metabolome over time. One of our model plants is Armoratia rusticana (horseradish) and the other is Tilia platyphyllos (large-leaved linden). In our work, we have shown that the content of gravel leaves is significantly influenced by the time of collection, the different compounds and other kinetics. According to horseradish, we demonstrated that endophytes and soil fungi behave differently, breaking down the glucosinolates present in horseradish at different rates and in different proportions.