Patogenetikai jelentőségű kópiaszám eltérések vizsgálata veleszületett fejlődési rendellenességekben

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorUjfalusi, Anikó
dc.contributor.authorNagy, Orsolya
dc.contributor.departmentKlinikai orvostudományok doktori iskolahu
dc.contributor.submitterdepDE--Általános Orvostudományi Kar -- Laboratóriumi Medicina Intézet, Klinikai Genetikai Tanszék
dc.date.accessioned2021-01-07T14:36:19Z
dc.date.available2021-01-07T14:36:19Z
dc.date.created2021hu_HU
dc.date.defended2021-01-21
dc.description.abstractTudományos munkám során aCGH és MLPA módszerek alkalmazásával vizsgáltuk patogén CNV-k előfordulását CHD-ban és egy DSD-vel diagnosztizált beteg esetében. Az első tanulmányban a CHD-s betegpopulációt három alcsoporta osztva vizsgáltuk. A szindrómás CHD-val diagnosztizált betegcsoportban (n=33) 21%-os (7/33) diagnosztikai hatékonysággal azonosítottunk patogén CNV-t, ami megfelel az irodalomban közölt adatoknak. A genotípus-fenotípus összefüggés vizsgálatakor valamennyi pozitív esetben igazolható volt a CNV patogenetikai szerepe. Három betegnél ismert mikrodeléciós szindróma (2 DiGeorge, 1 Cri-du-chat), egy testvérpárnál ultra ritka familiáris 8p23.1 duplikációs szindróma, egy betegnél nagyon ritka 6q21–q22 deléciós szindróma, egy beteg esetében pedig egy eddig még nem leírt kiegyensúlyozatlan transzlokáció került kimutatásra. Eredményeink alapján kialakítottunk egy kivizsgálási algoritmust a CNV-k hatékony kimutatására szindrómás CHD-k esetén. Az izolált CHD-s csoportban (n=16) a betegek súlyos, komplex CHD-val rendelkeztek extrakardiális tünetek nélkül. CHD-specifikus MLPA vizsgálatokkal nem igazolódott etiológiai szereppel bíró patogén CNV. Ennek egyik lehetséges magyarázata az alacsony mintaszám, a másik pedig a vizsgálat célzott jellege. A CHD-val diagnosztizált abortumok kamrai szövetmintáiból (n=18) MLPA módszerrel egy esetben mutattunk ki CNV-t, amely a 14q22.2-es kromoszómarégióba lokalizálódó BMP4 gén duplikációját jelentette. A kardiogenezisben szerepet játszó gén kópiaszám növekedésének patogenetikai jelentősége nem bizonyított. A második tanulmányban egy tisztázatlan etiológiájú DSD-vel diagnosztizált beteg genetikai kivizsgálását végeztük el. Az SRY-pozitív, 46,XY kariotípusú, lányként nevelt gyermeknél női külső genitalia, hiányzó uterus és GD került leírásra. A DSD-specifikus génekben új generációs szekvenálással mutáció nem volt kimutatható, teljes genom citogenetikai microarray vizsgálattal patogén CNV nem igazolódott. DSD-specifikus MLPA módszer alkalmazásával egy eddig még nem leírt mutációt, az NR5A1 gén 5-ös és 6-os exonjának heterozigóta delécióját azonosítottuk, amely a dózis-szenzitív NR5A1 gén haploinsufficienciáját eredményezve vezet DSD-hez. A mutáció megerősítette a 46,XY parciális GD diagnózisát. Eredményeink megerősítették az intragénikus CNV-k patogenetikai szerepét a DSD-k kialakulásában és hangsúlyozták azok kimutatásának klinikai jelentőségét. Az MLPA módszer alkalmasnak bizonyult a DSD-vel összefüggésbe hozható gének exonális kópiaszám eltéréseinek szűrésére, alkalmazása javíthatja a kórkép nagyon alacsony diagnosztikai hatékonyságát. SUMMARY In my scientific work, we investigated the occurrence of pathogenic CNVs in CHD and in a patient diagnosed with DSD using aCGH and MLPA methods. In the first study, we examined a CHD patient population divided into three subgroups. In the group of patients with syndromic CHD (n=33), we identified pathogenic CNV with 21% (7/33) diagnostic efficiency, which corresponds to data reported in the literature. Determining the genotype-phenotype relationship, we were able to confirm the pathogenetic role of CNV in all positive cases. Three patients had known microdeletion syndrome (2 DiGeorge, 1 Cri-du-chat), two siblings had an ultra-rare familial 8p23.1 duplication syndrome, one patient had a very rare 6q21–q22 deletion syndrome, and one patient had a previously not reported unbalanced translocation. Based on our results, we worked-out a diagnostic algorithm for the effective detection of CNVs in syndromic CHDs. In the isolated CHD group (n=16), patients had severe, complex CHDs without extracardiac symptoms. No pathogenic CNV with an etiological role was confirmed by CHD-specific MLPA studies. Possible explanation of our results can be the low number of investigated samples or targeted nature of the study. In ventricular tissue samples from abortions diagnosed with CHD (n=18) were examined by MLPA method. In this cohort we detected a CNV in one case, a duplication of the BMP4 gene localized to the 14q22.2 chromosome region. The pathogenetic significance of the increased gene copy number involved in cardiogenesis has not been demonstrated. In the second study, we performed a genetic examination of a patient diagnosed with DSD of unknown etiology. Female external genitalia, missing uterus and GD have been reported in an SRY positive, 46,XY karyotype child raised as a girl. No mutation was detected in DSD-specific genes by next-generation sequencing, and no pathogenic CNV was revealed by whole genome cytogenetic microarray analysis. Using DSD-specific MLPA method, we identified a novel mutation, a heterozygous deletion of exons 5 and 6 of the NR5A1 gene, which resulted in the haploinsufficiency of the dosage sensitive NR5A1 gene and explained the DSD of the patient. The mutation confirmed the diagnosis of 46,XY partial GD. Our results confirmed the pathogenetic role of intragenic CNVs in the development of DSDs and emphasize the clinical significance of their detection. The MLPA method has been shown to be suitable for screening for exonal copy number variants of genes associated with DSDs, and its application may improve the very low diagnostic efficiency of the disease.hu_HU
dc.description.correctorLB
dc.format.extent99hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/300918
dc.language.isohuhu_HU
dc.language.isoenhu_HU
dc.subjectkópiaszám eltérésekhu_HU
dc.subjectcopy number variants
dc.subjectveleszületett szívfejlődési rendellenesség
dc.subjectcongenital heart disease
dc.subjectMLPA
dc.subjectcitogenetikai microarray
dc.subjectcytogenetic microarray
dc.subjectNR5A1
dc.subjectúj parciális deléció
dc.subjectnew partial deletion
dc.subject46,XY DSD
dc.subject.disciplineKlinikai orvostudományokhu
dc.subject.sciencefieldOrvostudományokhu
dc.titlePatogenetikai jelentőségű kópiaszám eltérések vizsgálata veleszületett fejlődési rendellenességekbenhu_HU
dc.title.translatedInvestigation of pathogenetically significant copy number variants in congenital abnormalitieshu_HU
Fájlok
Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)
Megjelenítve 1 - 4 (Összesen 4)
Nem elérhető
Név:
Nagy_Orsolya_ertekezes.pdf
Méret:
1.85 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Értekezés
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Nagy_Orsolya_tezis_magyar.pdf
Méret:
758.69 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Magyar tézis
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Nagy_Orsolya_tezis_angol.pdf
Méret:
711.25 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Angol tézis
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Nagy_Orsolya_meghivo.pdf
Méret:
117.68 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Meghívó
Letöltés
Engedélyek köteg
Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
Nem elérhető
Név:
license.txt
Méret:
1.93 KB
Formátum:
Item-specific license agreed upon to submission
Leírás:
Letöltés
Gyűjtemények
Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola