PhD munkám középpontjában az R-hurkok és kromatin hurkok vizsgálata állt. Ennek keretén belül farmakogenomikai metaanalízissel vizsgáltuk az R-hurkok szerepét a daganat terápiában. Kifejlesztettünk két új módszert (DRIP-BC-seq, 4C-BC-seq), melyek R-hurkokat, illetve kromatin hurkokat szabályozó gének azonosítására szolgálnak. Továbbá Hi-C módszerrel vizsgáltuk Arabidopsis thaliana modellnövényben az NDX gén hatását a genom térbeli konformációjára. Legfőbb eredményeink: rávilágítottunk arra, hogy az R-hurkokat szabályozó gének számos daganat esetén biomarkerként és terápiás célpontként hasznosíthatók. Módszer fejlesztéseinknek köszönhetően növeltük a potenciálisan R-hurok/kromatin-hurok szabályozó gének listáját, miáltal új utak nyílnak az R-hurok kutatás és az epigenetikai daganatterápiák területén. Továbbá Hi-C eredményeink alapján megállapítottuk, hogy az NDX hiánya elősegíti a 3D kromatin kölcsönhatások létrejöttét a kromocentereken és a transzkripciósan csendes heterokromatinon keresztül.

My PhD work focused on the examination of R-loops and chromatin loops. Within this framework, we used pharmacogenomic meta-analysis to study the role of R-loops in cancer therapy. We developed two new methods (DRIP-BC-seq, 4C-BC-seq) for identifying genes regulating R-loops and chromatin loops, respectively. Additionally, we used the Hi-C method to study the effect of the NDX gene on the spatial conformation of the genome in the model plant Arabidopsis thaliana. Our main results: we highlighted that genes regulating R-loops can be used as biomarkers and therapeutic targets in many tumors. Thanks to our methodological developments, we have increased the list of potentially R-loop/chromatin loop regulatory genes, opening new ways in the field of R-loop research and epigenetic tumor therapies. Furthermore, based on our Hi-C results, we found that NDX deficiency promotes the formation of 3D chromatin interactions through chromocenters and transcriptionally silent heterochromatin.