Szerző szerinti böngészés "Barta, Endre"
Megjelenítve 1 - 20 (Összesen 45)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető Alternatively spliced exon regulates context-dependent MEF2D higher-order assembly during myogenesis(2023) Gönczi, Mónika; Teixeira, João M. C.; Barrera-Vilarmau, Susana; Mediani, Laura; Antoniani, Francesco; Nagy, Tamás Milán; Fehér, Krisztina; Ráduly, Zsolt; Ambrus, Viktor Attila; Tőzsér, József; Barta, Endre; Kövér, Katalin, E.; Csernoch, László; Carra, Serena; Fuxreiter, MónikaTétel Szabadon hozzáférhető An Ultra-Rare Manifestation of an X-Linked Recessive Disorder: duchenne Muscular Dystrophy in a Female Patient(2022) Szűcs, Zsuzsanna; Pinti, Éva; Haltrich, Irén; Pálné, Szén Orsolya; Nagy, Tibor; Barta, Endre; Méhes, Gábor; Bidiga, László; Török, Olga; Ujfalusi, Anikó; Koczok, Katalin; Balogh, IstvánTétel Szabadon hozzáférhető Both introns and long 3'-UTRs operate as cis-acting elements to trigger nonsense-mediated decay in plants(2006) Kertesz, Sándor; Kerényi, Zoltán; Mérai, Zsuzsanna; Bartos, Imre; Pálfy, Tamás; Barta, Endre; Silhavy, DánielTétel Korlátozottan hozzáférhető Comparative analysis of blood hic data across mammalsLodhi, Laiqa Zia; Barta, Endre; Általános Orvostudományi Kar::Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet; DE--Általános Orvostudományi Kar; Kókai, Endre; Általános Orvostudományi Kar::Orvosi Vegytani IntézetThis project resulted in the successful development of a new pipeline for downloading and analyzing Mammalian Hi-C data. The analysis of blood hic data across mammals and how the conservation of syntenic region has been conserved across nine species. It highlights the effects of those conserved regions on 3D genomes of the selected species. Bash, Perl and several bioinformatics tools were utilized to run the analysis on the data.Tétel Szabadon hozzáférhető Comparative analysis on the structural features of the 5' flankingregion of [kappa]-casein genes from six different species(2002) Gerencsér, Ákos; Barta, Endre; Boa, Simon; Kastanis, Petros; Bősze, Zsuzsanna; Whitelaw, C. Bruce A.Tétel Szabadon hozzáférhető Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction(2016) Nagy, Tibor; Kis, András; Póliska, Szilárd; Barta, Endre; Havelda, Zoltán; Marincs, FerencTétel Szabadon hozzáférhető Complex pattern of alternative splicing generates unusual diversity in the leader sequence of the chicken link protein mRNA(1991) Deák, Ferenc; Barta, Endre; Mestric, Silvija; Biesold, Markus; Kiss, lbolyaTétel Szabadon hozzáférhető Comprehensive analysis of human transcription factor binding sites with ChIP-seq and topological arrangements of transcription factor complexes on the DNA(2019) Czipa, Erik; Barta, Endre; Czipa, Erik; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA transzkripciós faktorok (TF) olyan fehérjék, melyek a genom specifikus régióihoz kapcsolódnak és a megfelelő gének expresszióját befolyásolják. ChIP-seq technika segítségével azonosíthatjuk ezeknek a fehérjéknek a genomi lokalizációit, melyeket az eljárás során úgynevezett csúcs régióként detektálunk. Ezek azonban a fehérjéknek csak a megközelítőleges helyzetet mutatják meg az eljárás alacsony felbontása miatt. Ezekben a régiókban a legnagyobb fragment lefedettségű bázis azonosítása (csúcspont) nyújt segítséget a valódi DNS-fehérje interakciós pont megtalálásához. Olyan csúcspont alapú technikát fejlesztettünk ki, mellyel ChIP-seq adatokból kinyerhető egy fehérje pontos genomi pozíciója közel bázis-pár felbontással. Ezt a módszert használtuk a CTCF/kohezin komplex vizsgálatánál, amely jelentős szerepet játszik a DNS-hurkok létrehozásában. A komplex alkotóelemeinek relatív helyzetét 1 bázispáros pontossággal határoztuk meg, majd az eredményeket három dimenziós DNS modellen ábrázoltuk. Ezzel következtetni tudtunk a komplex topológiájára, ami lehetővé tette számunkra, hogy elkészítsük a CTCF/kohezin mediálta DNS hurkolódási modellünket. Ebben az úgynevezett kettős gyűrű elméletet használtuk fel, melyben a DNS hurok létrehozásában két kromatin gyűrű vesz részt. Ezt követően a csúcspont alapú fehérje pozíció meghatározást más proteinekre is kiterjesztettünk. Olyan adatbázis elkészítését tűztük ki célul, mely a lehető legtöbb azonosított transzkripciós faktor kötőhelyet tartalmazza és vizsgálni lehet a velük korrelációba hozható fehérjéket különböző sejttípusokban. Ehhez több mint 3700 humán ChIP-seq adatot töltöttünk le szekvencia adatbázisokból és a JASPAR CORE motívum adatbankot használtuk a kötőhelyek megtalálásához. Az adatokat egységes módon dolgoztuk fel, hogy azok összehasonlíthatóak legyenek. Ennek eredményeként genom szinten tudtuk azonosítani a cisztrómok genomi pozícióit 292 különböző típusú transzkripciós faktor esetében. Az azonosított kötőhelyeken vizsgálható, hogy mely faktorok fordulnak elő az adott régiókban, mely sejttípusokban és ezek milyen preferált pozícióiban helyezkednek el a motívum centrumához és egymáshoz viszonyítva. Az adatbázishoz készítettünk egy interaktív webes felületet, melyen keresztül a feldolgozott ChIP-seq adatok nem csak nyilvánosan elérhetővé és letölthetővé váltak, de a különböző megjelenítési módokban az eredményeink böngészhetőek is: http://summit.med.unideb.hu/summitdb/.Tétel Szabadon hozzáférhető Creating a novel method for chicken primordial germ cell health monitoring using the fluorescent ubiquitination-based cell cycle indicator reporter system(2024) Ecker, András; Lázár, Bence; Tóth, Roland I.; Urbán, Martin; Hoffmann, Orsolya I.; Fekete, Zsófia; Barta, Endre; Uher, Ferenc; Matula, Zsolt; Várkonyi, Eszter; Gócza, ElenTétel Korlátozottan hozzáférhető Development of a new database for the definition of transcription units based on human ChIA-Pet and ChIP-seq data in 3D proximity of CTCF binding domainsShihab Aldeen, Yanal; Barta, Endre; Debreceni Egyetem::Általános Orvostudományi Kar::Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet; DE--Általános Orvostudományi Kar; Székvölgyi, Lóránt; Debreceni Egyetem::Gyógyszerésztudományi Kar::Gyógyszertechnológiai TanszékChIA-PET data helps understand the proximity of sequences and their positions in a 3D structure, while CHIP-SEQ identifies sequences that specific proteins interact with. By combining both methods, we can identify the relationship between promoter-protein complexes and other nearby sequences. CTCF is a highly conserved protein that plays a crucial role in DNA replication, chromatin architecture, and gene regulation. It mediates long-range chromatin interactions and acts as a barrier component to prevent the transfer of epigenetic markers. Raw ChIA-PET data was evaluated using ChIA-PET TOOLS v3 to identify promoter sequences close to CTCF binding domains, indicating that CTCF and the cohesin ring play a role in promoter activity.Tétel Szabadon hozzáférhető Development of Wild Boar Species-Specific DNA Markers for a Potential Quality Control and Traceability Method in Meat Products(2020) Szemethy, Dániel; Mihalik, Bendegúz; Frank, Krisztián; Nagy, Tibor; Újváry, Dóra; Kusza, Szilvia; Szemethy, László; Barta, Endre; Stéger, ViktorTétel Korlátozottan hozzáférhető A diploid C. albicans RNA-seq adatainak bioinformatikai elemzéseNagy-Köteles, Csaba Alfréd; Pócsi, István; Barta, Endre; Emri, Tamás; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetC. albicans RNA-seq adatainak allélspecifikus vizsgálatához készült scriptek és illesztőprogram módosításokTétel Szabadon hozzáférhető DoOP: databases of Orthologous Promoters, collections of clusters of orthologous upstream sequences from chordates and plants(2004) Barta, Endre; Sebestyén, Endre; Pálfy, Tamás; Tóth, Gábor; Ortutay, Csaba P.; Patthy, LászlóTétel Szabadon hozzáférhető DoOPSearch: a web-based tool for finding and analysing common conserved motifs in the promoter regions of different chordate and plant genes(2009) Sebestyén, Endre; Nagy, Tibor; Suhai, Sándor; Barta, EndreTétel Szabadon hozzáférhető Draft Genome Sequence of a Highly Virulent Rabbit Staphylococcus aureus Strain(2015) Német, Zoltán; Albert, Ervin; Nagy, Tibor; Olasz, Ferenc; Barta, Endre; Kiss, János; Dán, Ádám; Bányai, Krisztián; Hermans, Katleen; Biksi, ImreTétel Szabadon hozzáférhető Evolutionarily Conserved, Growth Plate Zone-Specific Regulation of the Matrilin-1 Promoter: L-Sox5/Sox6 and Nfi Factors Bound near TATA Finely Tune Activation by Sox9(2010) Nagy, Andrea; Kénesi, Erzsébet; Rentsendorj, Otgonchimeg; Molnár, Annamária; Szénási, Tibor; Sinkó, Ildikó; Zvara, Ágnes; Oommen, Sajit Thottathil; Barta, Endre; Puskás, László G.; Lefebvre, Veronique; Kiss, IbolyaTétel Szabadon hozzáférhető Examination of the transcription factors acting in bone marrow derived macrophages(2016) Nagy, Gergely; Barta, Endre; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA BMDM sejtek transzkripciós szabályozásának vizsgálatára számos NGS módszert használtunk, beleértve a ChIP-seq-et, GRO-seq-et, RNA-seq-et és 3C-seq-et. Mivel nagy mennyiségű eszköz van, de az elemzések jelentős részéhez még mindig nincs széleskörben használt standard, az adatfeldolgozáshoz új megközelítésekre és új stratégiák kidolgozására volt szükség a többé-kevésbé egyedi kérdések megválaszolására. A GRO-seq szerteágazó információt biztosított, amely egy összetett rendszert igényelt a transzkriptumok meghatározására, annotálására és az expressziós szintek kiszámítására. A promóterek enhanszerektől való, tehát a gének enhanszer transzkriptumoktól való elválasztásához beépítettük a műveletek közé a H3K4me3 ChIP-seq-ből származó adatokat is. Új stratégiát alkalmaztunk az NFR- és doménpredikciókra ChIP-seq adatokból, és a 3C-seq elemzéshez is. A makrofágokban működő főbb TF családokat a prediktált NFR-ek motívumfeldúsulásai alapján határoztuk meg, de az egyes TF-ok azonosítása génexpressziós adatokat igényelt. Érdekeltek az RXR ligandkezelés közvetlen hatásai, és azt találtuk, hogy az RXR – a heterodimerizáló partnereivel vagy azok nélkül – inkább aktivátorként működött. P300 és RAD21 feldúsulást mutatott, melyek előkészíthetik a kromatinkörnyezetet a génindukcióra. Számos angiogenikus gént (pl. Vegfa, Angptl4, Tgm2 és Hbegf) és szintén érképzésben érintett TF-t (ATF4, ETS2, KLF10 and FLI1) indukált. A FOS és JDP2, a JUN-ok és ATF4 heterodimerizáló partnerei szintén szabályozódtak, amely egy átmeneti indukciót okozhatott. A legfontosabb angiogenikus génhez, a Vegfa-hoz egy szokatlanul távoli enhanszercsoportot találtunk, amely egy 300 kb-os hurkon keresztül közelíti meg a gént, mely huroknak a végei valóban kölcsönhatást mutattak a 3C-seq adatok alapján.Tétel Szabadon hozzáférhető Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells(2022) Laczik, Miklós; Erdős, Edina; Ozgyin, Lilla; Hevessy, Zsuzsanna; Csősz, Éva; Kalló, Gergő; Nagy, Tibor; Barta, Endre; Póliska, Szilárd; Szatmári, István; Bálint, Bálint LászlóTétel Szabadon hozzáférhető Genetic traces of dispersal and admixture in red deer (Cervus elaphus) populations from the Carpathian Basin(2022) Krisztián, Frank; Szepesi, Kinga; Bleier, Norbert; Sugár, László; Kusza, Szilvia; Barta, Endre; Horn, Péter; Orosz, László; Stéger, ViktorTétel Szabadon hozzáférhető Genome Sequences of Three Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Healthy Broiler Chicks in Hungary and in the United Kingdom(2015) Olasz, Ferenc; Nagy, Tibor; Szabó, Móni; Kiss, János; Szmolka, Ama; Barta, Endre; Tonder, Andries van; Thomson, Nicholas; Barrow, Paul; Nagy, Béla
- «
- 1 (current)
- 2
- 3
- »