Szerző szerinti böngészés "Czipa, Erik"
Megjelenítve 1 - 5 (Összesen 5)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető Comprehensive analysis of human transcription factor binding sites with ChIP-seq and topological arrangements of transcription factor complexes on the DNACzipa, Erik; Barta, Endre; Czipa, Erik; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA transzkripciós faktorok (TF) olyan fehérjék, melyek a genom specifikus régióihoz kapcsolódnak és a megfelelő gének expresszióját befolyásolják. ChIP-seq technika segítségével azonosíthatjuk ezeknek a fehérjéknek a genomi lokalizációit, melyeket az eljárás során úgynevezett csúcs régióként detektálunk. Ezek azonban a fehérjéknek csak a megközelítőleges helyzetet mutatják meg az eljárás alacsony felbontása miatt. Ezekben a régiókban a legnagyobb fragment lefedettségű bázis azonosítása (csúcspont) nyújt segítséget a valódi DNS-fehérje interakciós pont megtalálásához. Olyan csúcspont alapú technikát fejlesztettünk ki, mellyel ChIP-seq adatokból kinyerhető egy fehérje pontos genomi pozíciója közel bázis-pár felbontással. Ezt a módszert használtuk a CTCF/kohezin komplex vizsgálatánál, amely jelentős szerepet játszik a DNS-hurkok létrehozásában. A komplex alkotóelemeinek relatív helyzetét 1 bázispáros pontossággal határoztuk meg, majd az eredményeket három dimenziós DNS modellen ábrázoltuk. Ezzel következtetni tudtunk a komplex topológiájára, ami lehetővé tette számunkra, hogy elkészítsük a CTCF/kohezin mediálta DNS hurkolódási modellünket. Ebben az úgynevezett kettős gyűrű elméletet használtuk fel, melyben a DNS hurok létrehozásában két kromatin gyűrű vesz részt. Ezt követően a csúcspont alapú fehérje pozíció meghatározást más proteinekre is kiterjesztettünk. Olyan adatbázis elkészítését tűztük ki célul, mely a lehető legtöbb azonosított transzkripciós faktor kötőhelyet tartalmazza és vizsgálni lehet a velük korrelációba hozható fehérjéket különböző sejttípusokban. Ehhez több mint 3700 humán ChIP-seq adatot töltöttünk le szekvencia adatbázisokból és a JASPAR CORE motívum adatbankot használtuk a kötőhelyek megtalálásához. Az adatokat egységes módon dolgoztuk fel, hogy azok összehasonlíthatóak legyenek. Ennek eredményeként genom szinten tudtuk azonosítani a cisztrómok genomi pozícióit 292 különböző típusú transzkripciós faktor esetében. Az azonosított kötőhelyeken vizsgálható, hogy mely faktorok fordulnak elő az adott régiókban, mely sejttípusokban és ezek milyen preferált pozícióiban helyezkednek el a motívum centrumához és egymáshoz viszonyítva. Az adatbázishoz készítettünk egy interaktív webes felületet, melyen keresztül a feldolgozott ChIP-seq adatok nem csak nyilvánosan elérhetővé és letölthetővé váltak, de a különböző megjelenítési módokban az eredményeink böngészhetőek is: http://summit.med.unideb.hu/summitdb/.Tétel Korlátozottan hozzáférhető Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA(2016) Nagy, Gergely; Czipa, Erik; Steiner, László; Nagy, Tibor; Pongor, Sándor; Nagy, László; Barta, EndreTétel Szabadon hozzáférhető PRMT1 and PRMT8 regulate retinoic acid-dependent neuronal differentiation with implications to neuropathology(2015) Simándi, Zoltán; Czipa, Erik; Horváth, Attila; Kőszeghy, Áron; Bordás, Csilla; Póliska, Szilárd; Juhász, István; Imre, László; Szabó, Gábor; Dezső, Balázs; Barta, Endre; Sauer, Sascha; Károlyi, Katalin; Kovács, Ilona; Hutóczki, Gábor; Bognár, László; Klekner, Álmos; Szűcs, Péter; Bálint, Bálint László; Nagy, LászlóTétel Szabadon hozzáférhető Prolonged activity of the transposase helper may raise safety concerns during DNA transposon-based gene therapy(2023) Imre, Gergely; Takács, Bertalan; Czipa, Erik; Drubi, Andrea, Bakné; Jaksa, Gábor; Latinovics, Dóra; Nagy, Andrea; Karkas, Réka; Hudoba, Liza; Vásárhelyi, Bálint Márk; Pankotai-Bodó, Gabriella; Blastyák, András; Hegedűs, Zoltán; Germán, Péter; Bálint, Balázs; Ahmed Abdullah, Khaldoon Sadiq; Kopasz, Anna Georgina; Kovács, Anita; Nagy, László G.; Sükösd, Farkas; Pintér, Lajos; Rülicke, Thomas; Barta, Endre; Nagy, István; Haracska, Lajos; Mátés, LajosTétel Korlátozottan hozzáférhető Staphylococcus aureus ß-laktamázainak analízise(2011-05-09T13:10:18Z) Czipa, Erik; Keserű, Judit; DE--TEK--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetBorderline meticillin rezisztens Staphylococcus aureus törzsek ß-laktamázait vizsgáltuk. Esetükben ß-laktamázok túltermelése, illetve feltehetően methicillinázok termelése a rezisztencia kiváltó oka. Munkacsoportunk kétdimenziós gélelektroforézissel elemzett több S. aureus törzs fermentlevében és membránjában található ß-laktamázt. Az enzimek regenerálásával és nitrocefin - egy kromogén ß-laktám vegyület - alkalmazásával detektáltuk a pozíciójukat a géleken, majd a párhuzamos gélekből a megfelelő fehérjefolt gélben történő emésztésével és MALDI-TOF analízisével azonosítottuk őket.