Szerző szerinti böngészés "Ozgyin, Lilla"
Megjelenítve 1 - 8 (Összesen 8)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető Development and characterization of experimental tools for functional genomics researchOzgyin, Lilla; Bálint, Bálint László; Ozgyin, Lilla; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA funkcionális genomikai módszerek, amelyek lehetővé teszik a génszabályozás különböző aspektusainak genomszintű vizsgálatát, az elmúlt évtizedben látványos fejlődésen és érésen mentek keresztül. Emellett a meglévő források hatékonyabb felhasználásának érdekében új tudományos együttműködési platformok jelentek meg. A doktori értekezés három fő témakör keretében tárgyalja a funkcionális genomika tudományterülethez kapcsolódó fejlesztési és vizsgálati eredményeinket. Munkánk során kifejlesztettünk egy új, bakteriofág-alapú spike-in folyamatkontroll rendszert kromatin immunprecipitációs (ChIP) kísérletekhez; továbbá vizsgáltuk a sejtliofilezés alkalmasságát mint potenciálisan költséghatékony RNS-archiválási módszer; valamint elsőként vizsgáltuk a széles körben alkalmazott humán B-limfoblasztoid sejtvonal (LCL) modell DNS-szekvenciától független funkcionális genomikai variabilitásának kvalitatív és kvantitatív sajátságait. Mivel a ChIP módszer nem rendelkezik széles körben elfogadott folyamatkontrollokkal, munkánk során in vitro evolúciós módszerrel kifejlesztettünk olyan, felszínükön különböző peptideket bemutató bakteriofágokat, amelyek erősen kötődnek különböző ChIP-minőségű, transzkripciós faktor-ellenes antitestekhez. Ezen reagensek egyszerűen sokszorozhatóak, és heterológ külső kontrollként használhatóak a kísérletes mintaveszteség normalizálására. A ChIP mellett az RNS szekvenálás is széles körben elterjedt funkcionális genomikai módszer, amely alkalmas biológialag releváns sejtállapotok transzkriptomikai jellemzésére. Az RNS-alapú vizsgálatokra szánt szövetek fagyasztott állapotban történő tárolása jelentős működtetési költségekkel és környezeti terheléssel jár. Munkánk során megvizsgáltuk a potenciálisan költséghatékony sejtliofilezés és az azt követő szobahőmérsékleten történő mintatárolás hatását az izolált celluláris RNS minőségére. Míg az epigallokatekin-gallát nem bizonyult alkalmas lioprotektánsnak RNS-alapú vizsgálatokhoz, a D-trehalóz megfelelő védelmet nyújtott liofilezés és többhetes szobahőmérsékleten történő tárolás során, magas kitermelést és kiváló RNS-minőséget eredményezve mind alacsony-, mind magas áteresztőképességű vizsgálatokhoz. A humán LCL sejtvonal modellrendszert széles körben alkalmazzák a génexpressziós szabályozás általános szabályszerűségeinek és genetikai hátterének vizsgálatára. Ennek tükrében nagy jelentőséggel bírhat az egyes LCL sejtvonalak közötti genotípus-független funkcionális genomikai variabilitás jellegének és mértékének ismerete. Öt, azonos személyből származó LCL sejtonal vizsgálata során kimutattuk, hogy az aktív (H3K27ac-jelölt) génszabályozó elemek közel negyede mutat variábilis acetilációt, amely enyhébb transzkriptóm-variabilitással párosult. Továbbá a génexpressziós eltérések kemoterápiás szerekkel szembeni eltérő sejtválaszt okozhatnak, így javasolt az RNS-szintek beépítése az LCL-alapú QTL-vizsgálati tervekbe. Összegezve, eredményeink kiindulási pontként szolgálhatnak a költséghatékonyabb és racionálisabb kísérlettervezéshez a funkcionális genomika keretein belül.Tétel Szabadon hozzáférhető Extensive epigenetic and transcriptomic variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells with implications in pharmacogenomics research(2019) Ozgyin, Lilla; Horváth, Attila; Hevessy, Zsuzsanna; Bálint, Bálint LászlóTétel Szabadon hozzáférhető Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells(2022) Laczik, Miklós; Erdős, Edina; Ozgyin, Lilla; Hevessy, Zsuzsanna; Csősz, Éva; Kalló, Gergő; Nagy, Tibor; Barta, Endre; Póliska, Szilárd; Szatmári, István; Bálint, Bálint LászlóTétel Korlátozottan hozzáférhető Gyógyszerhatóanyag intermedierek előállítása biokatalitikus útonNemes, Márk; Zékány, András; Hajkó, János; Ozgyin, Lilla; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai IntézetSzakdolgozatom készítése során gyógyszerhatóanyagok egyes intermedierjeinek az előállítása volt a cél biokatalitikus úton, IRED és transzamináz enzimek segítségével. Foglalkoztam még in-house enzimek előállításával, mely során enzimexpressziót hajtottam végre E. coli sejtekben, valamint azok transzformálását enzimexpressziós plazmiddal.Tétel Szabadon hozzáférhető Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals(2019) Horváth, Attila; Dániel, Bence; Széles, Lajos; Cuaranta-Monroy, Ixchelt; Czimmerer, Zsolt; Ozgyin, Lilla; Steiner, László; Kiss, Máté; Simándi, Zoltán; Póliska, Szilárd; Giannakis, Nikolas; Raineri, Emanuele; Gut, Ivo G.; Nagy, Benedek; Nagy, LászlóTétel Szabadon hozzáférhető Lyophilized human cells stored at room temperature preserve multiple RNA species at excellent quality for RNA sequencing(2018) Ozgyin, Lilla; Horváth, Attila; Bálint, Bálint LászlóTétel Korlátozottan hozzáférhető Nuclear receptors in transgenerational epigenetic inheritance(2015) Ozgyin, Lilla; Erdős, Edina; Bojcsuk, Dóra; Bálint, Bálint LászlóTétel Szabadon hozzáférhető STAT2/IRF9 directs a prolonged ISGF3-like transcriptional response and antiviral activity in the absence of STAT1(2015) Blaszczyk, Katarzyna; Olejnik, Adam; Nowicka, Hanna; Ozgyin, Lilla; Chen, Yi-Ling; Chmielewski, Stefan; Kostyrko, Kaja; Wesoly, Joanna; Bálint, Bálint László; Lee, Chien-Kuo; Bluyssen, Hans A. R.