Az MBR (Membrane Bioreactor) és EMR (Enzyme Membrane Bioreactor) rendszerek folyamatos rendszerként működhetnek, azzal a plusz tulajdonsággal, hogy a sejtek/enzimek visszakerülnek a reaktorba, így a rendszeren belül maradnak. Ily módon nagy biokatalizátor sűrűség, és magas hígítási arány érhető el, a sejtek kimosódásának esélye nélkül. Használatuk akkor célszerű, ha a folyamatot gátolja a termék- vagy szubsztrát koncentráció, vagy nagy a katalizátor nyírási érzékenysége. Számos konfigurációja létezik, ezek közül az adott folyamathoz mindig a legoptimálisabbat kell kiválasztani