Az állatnemesítés során azonban a genetikai sokféleség megőrzését sem szabad figyelmen kívül hagyni, hiszen a kis populációval rendelkező, veszélyeztetett fajták fenntartása ökonómiai és tenyésztési szempontból egyaránt nagy jelentőséggel bír. A gazdasági állatok nemesítése a genetikai alkalmazását jelenti abból a célból, hogy a mindenkori igényeknek megfelelő állatpopulációk szolgálhassák az ember szükségleteinek kielégítését.