A közszférán belül az egészségügy helyzete mindig speciális volt, és nincs ez másképpen napjainkban sem. Az állami finanszírozású egészségügyi szervezetek, kórházak, mind felépítésük, mind sajátos és komplex környezetük miatt jelentősen eltérnek más gazdasági szereplőktől. A közgazdaságban jól ismert elméletek és mechanizmusok csak igen korlátozottan jelennek meg, vagy válnak érvényesíthetővé a kórházak gazdálkodása, vezetési szemlélete során. Mindezek közül azonban a kontrolling egy igen speciális szerepet tölt be. Hiszen a kontrolling mindig ötvözi a gazdasági szemléletet, az adott terület speciális „szakértői” feladataival. Egy kórház menedzsmentje számára pont a kontrolling adhatja a legnagyobb és legsokrétűbb támogatást akár a stratégia alkotás, akár a gazdasági döntések, akár az operatív tervezés során.