A Balaton vízminőségének vizsgálata fontos szerepet játszik mind a környezetvédelemben, tudományban, a gazdaságban és a turizmusban. Ezért a víz minőségének változását a BLKI vagy is a Magyar Tudományos Akadémia Balatoni Limnológiai Kutatóintézete mindig figyelemmel kíséri. A nitrogén a vizekben főleg N2 (nitrát) és NO3- (nitrit) formában fordul elő, de N2O (dinitrogén-oxid), szabad ammónia NH3, ammóniumion NH4+ és salétromsav HNO2 formában is megtalálható a vizekben, de ez a környezeti feltételektől függnek.A tó vízének minőségére első sorban a Zala folyóval bekerülve, biológiailag hasznosítható foszfor koncentrációja hat. A víz tisztasága annak is köszönhető, hogy a tavaszi algák eltűnését még nem követték a nyárra jellemző fajok elszaporodása.