A molekuláris dinamika a nagy részecske rendszerek mozgásának szimulálásáról szól, melyben a részecskék egymásra hatnak. Analitikusan nehéz ilyen rendszereket vizsgálni, de egy a valósághoz közelítő rendszert numerikusan megoldva már számítógép segítségével szimulálhatunk. Egy ilyen számítógépes szimuláció hatékonyabbá tehető, vagyis a program futási ideje csökkenthető a program párhuzamosításával.