Az új funkció megtalálásához használt rendezetlenségi változás a fehérjeduplikátumokban
Fájlok
Dátum
Authors
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
DOI
Absztrakt
A diplomadolgozatomban a fehérje rendezetlenség kialakulását és a duplikáció kialakulását kapcsoltam össze. A hipotézisünk az volt, hogy a duplikáció után az egyik (vagy mindkét) duplikátum fehérjéjének rendezetlensége megváltozik, ami így elősegítheti egy új funkció kialakulását. A kutatásunkhoz az Aspergillus genusban található fajokat vizsgáltuk, referencia fajként pedig az Aspergillus nidulanst választottuk. Célunk elérése érdekében megkerestük az összes, Aspergillus genusban lévő fajban, az Aspergillus nidulans fehérjék ortológjait, és az ortológ csoportok ismeretében meghatároztuk az összes duplikációt, majd az összegyűjtött duplikációk esetében megvizsgáltuk, hogy milyen eltérések vannak a két kópia rendezetlenségbeli tulajdonságai között. A kutatásunkhoz számos adatbázist és bioinformatikai programot vettünk igénybe. Többek között, a JGI MycoCosm adatbázisát, ami gombákra specializálódott, ESpritz programot, ami a rendezetlenség megjósolását teszi lehetővé, az OrthoMCL algoritmust, amivel ortológia vizsgálatot végeztünk és különböző R programokat is, amivel statisztikai analíziseket hajtottunk végre.