A projektek megvalósítása során jellemzően fontos szempont a projekt innovativitása és a fenntarthatóság megvalósítása. Az Irányító Hatóság által definiált eljárásrend ugyanakkor nem követi a korszerű innovációs módszereket, a projekt megvalósítása szempontjából konzervatív, túlbiztosított, életszerűtlen folyamatokat kell megvalósítani. Ez azonban nemcsak akadályozza az innovativitást, hanem alapjaiban kérdőjelezi meg az elvárt innovációt. Az innovációs és fenntarthatósági módszertan hiánya hosszú távon a valóban innovatív projekteket is kudarcra ítéli. Ha a fejlesztés nem tud a szakmailag bizonyítottan hatékony eljárásrendek szerint történni, akkor a fenntarthatóság is veszélybe kerül, vagy ki sem alakul. A támogatás jelentős segítség a projekt megvalósítási szakaszában ez azonban nincs összhangban azzal a módszertannal, amely a valóban fenntartható, piaci körülmények között is életképes projekteket generálhatna. Ezek a módszertani ellentmondások jelentős forrás pazarlást jelentenek. Egy innovatív szervezet igyekszik ezt az ellentmondást feloldani úgy, hogy egyszerre kíván megfelelni a hatósági kívánalmaknak és a szakmailag indokolt innovatív szemléletmódnak. Ez a kettősség azonban azt is jelenti, hogy egy szervezeten belül, egy fejlesztési folyamatban kell két, egymással ellentétes szervezeti kultúra működését kialakítani és összehangolni, ami tovább növeli a belső feszültségeket.