A rendszerváltás óta gyakran volt politikai töltetű, szakmai és tudományos viták tárgya a vallásszabadság tartalma, érvényesülése és a gyakorlásának közjogi keretet adó egyházak működése. 1989-ben alkotmányos védelmet kapott a lelkiismereti és vallásszabadság, az egyház létrehozása és a hitéleti tevékenység gyakorlása. A rendszerváltást követően a jogalkotásra nagy hatással voltak az Alkotmánybíróság döntései, amelyek megerősítették, hogy a vallásszabadság kiemelt fontosságú alapjogi védelmet élvez. Az Alkotmánybíróság határozatai nyújtottak segítséget olyan nagy elvi kérdések értelmezéséhez, mint az állam és az egyház elválasztása, a világnézeti semlegesség vagy az állami és az egyházi oktatás viszonya. Magyarországon nincs sem hivatalosan kijelölt, sem informálisan ilyennek minősített államegyház. Az államnak az egyházakat egyenlőként kell kezelnie. Az állam világnézeti semlegessége a lelkiismereti szabadság emberi méltósággal való kapcsolatából következik. Mivel az emberi méltóság minden ember vonatkozásában egyenlő, az állam nem részesíthet előnyben egyes világnézeteket másokkal szemben. Az állam és az egyház elválasztása egymástól ugyanakkor nem jelentheti azt, hogy a vallás és az egyház sajátosságait az államnak a törvényalkotásban figyelmen kívül kellene hagynia. Általános jelenség, hogy számos korábbi egyházi feladat az állam kötelességévé vált, az egyházak azonban fenntartották, megújították ezt a tevékenységüket. Ilyen feladat többek között az iskolai oktatás, a betegápolás vagy a szegények segítése. Az elválasztás tehát nem ellentétes az állam és az egyház közötti együttműködéssel. Az egyházak egyenlőként való kezelése azonban nem zárja ki, hogy a tényleges társadalmi szerepüket figyelembe vegyék. A történelmi múlt örökségéből fakadóan az egyházak helyzete eltérő, számos olyan hagyomány létezik, ami szinte napjainkig érintetlenül maradt.