Az eukarióták génexpressziójának szabályozása transzkripciós faktorok és szabályozó génszakaszok interakciója révén valósul meg, mely a kromatin szerkezetének átalakulásával is együtt jár. A „transzkripciós szabályozó kód” kifejezést használják ennek a komplex folyamatnak a leírására. A különböző módszerek fejlődése, finomodása, mint például az in vivo DNS-fehérje interakciók vizsgálata a teljes genomra kiterjedően, a kromatin szerkezetének részletes leírása, a transzkripciós faktorok helyzetének kimutatása akár genomi szinten is, növeli ennek a transzkripciós szabályozó kódnak a megismerését.(Barrera és Ren, 2006).A szekunder metabolitokat (antibiotikumok, antifungális szerek) termelő mikroorganizmusok esetén különösen fontos a metabolitokat kódoló gének szabályozásának vizsgálata. A termelésük optimalizálásával ugyanis maximális hozamuk érhető el ipari körülmények között, ami gazdaságossá teszi előállításukat.(Meyer, 2008)