dc.contributor.advisor	Paholcsek, Melinda
dc.contributor.author	Fidler, Gábor
dc.contributor.department	Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola	hu
dc.contributor.submitterdep	DE--Általános Orvostudományi Kar -- Humángenetikai Tanszék
dc.date.accessioned	2021-06-30T17:13:55Z
dc.date.available	2021-06-30T17:13:55Z
dc.date.defended	2021-07-15
dc.date.issued	2021
dc.description.abstract	Az opportunista humánpatogén gombafajok által okozott invazív megbetegedések és a rezisztens gombatörzsek egyre növekvő száma egyaránt világméretű gondot jelent, amelyek következtében több mint 1,6 millió ember hal meg évente. Kiemelten veszélyeztetett csoportba tartoznak a vérképzőszervi daganatos megbetegedésekben szenvedők, az őssejt- vagy szervtranszplantáción átesettek és a HIV fertőzöttek. Az egyébként is súlyos alapbetegségek szövődményeként fellépő szisztémás gombainfekciók időben megkezdett hatékony antifungális terápia nélkül a betegek életkilátásait jelentősen rontják, továbbá növelik a kórházi ellátás időtartamát illetve annak költségeit. Célunk olyan HRM PCR gombadiagnosztikai esszék kifejlesztése és optimalizálása volt, amelyek klinikailag jelentős Aspergillus és Candida gombafajok genetikai megkülönböztetését teszik lehetővé. A két nemzetség β-tubulin génjén belül olyan diverz szekvenciájú régiókat azonosítottunk, melyek egyedi fajspecifikus genetikai ujjlenyomatként szolgáltak a HRM analízis során. Ennek alapján sikerült referencia olvadási hőmérsékleti tartományokat meghatároznunk az Aspergillus fumigatus, A. lentulus, A. terreus, A. flavus, A. niger, A. welwitschiae, A. tubingensis, és egy második esszé alkalmazásával a Candida albicans, C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei, C. dubliniensis, C. guilliermondii fajok esetében. A rutin felhasználás érdekében teljes diagnosztikai protokollt dolgoztunk ki, a sejtek feltárásától a HRM PCR eredmények kiértékeléséig. Kifejlesztésre került egy felhasználóbarát applikáció (MycoAnalyzer) is, amely lehetővé teszi a minták egyszerű és gyors kiértékelését. Mindemellett a HRM PCR teszt jól kombinálható más diagnosztikai módszerekkel anélkül, hogy a költségeket jelentősen megemelné. Tekintve a megkülönböztethető fajok számát, az egyszerű illetve gyors kivitelezhetőséget és a költséghatékonyságot, úgy gondoljuk, hogy módszerünk rendkívül hasznos lehet mikrobiológiai laboratóriumok számára a klinikai Aspergillus és Candida gombatenyészetek faji szintű azonosításában.	hu_HU
dc.description.abstract	Both the invasive diseases caused by opportunistic human pathogenic fungi and the growing number of drug resistant fungal strains are a worldwide concern, killing more than 1.6 million people each year. High-risk groups include those with hematopoietic malignancies, stem cell- or solid organ transplants and HIV infected patients. Without timely initiated effective antifungal therapy, these systemic fungal infections significantly worsen patients’ life expectancy and increase the duration and cost of hospital care. The main causes of invasive mycoses are the fungal species Aspergillus fumigatus and Candida albicans, however, as a consequence of a more frequent use of immunosuppressive therapeutic drugs and broad-spectrum antibiotics, the incidence of other members of the two genera is increasing, thus evaluation of species based diagnostic methods became more important. We developed and optimized HRM PCR fungal diagnostic assays that allow genetic distinction of clinically relevant Aspergillus (Aspergillus fumigatus, A. lentulus, A. terreus, A. flavus, A. niger, A. welwitschiae, A. tubingesis) and Candida (Candida albicans, C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei, C. dubliniensis, C. guilliermondii) species. We identified regions in the β-tubulin genes of these two genera, which proved to be diverse enough in sequence to serve as unique species specific genetic fingerprint in HRM analysis. To advance the routine use of our method, we designed a complete fungal diagnostic protocol including cell disruption, DNA isolation, HRM PCR working protocol and interpretation of the results. The MycoAnalyzer application was developed in order to achieve fast and user friendly species identification from the HRM PCR results. Based on the number of identified species, simplicity, fast turn-around time and cost-effectiveness we think that our method can be useful for clinical microbiology laboratories in species identification of Aspergillus and Candida cultures isolated from patients.	hu_HU
dc.format.extent	88	hu_HU
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/2437/319905
dc.language.iso	hu	hu_HU
dc.language.iso	en	hu_HU
dc.subject	Invazív mikózis	hu_HU
dc.subject	Invasive mycoses	hu_HU
dc.subject	Aspergillus
dc.subject	Candida
dc.subject	fajalapú diagnózis
dc.subject	β-tubulin gén
dc.subject	kvantitatív valós idejű PCR
dc.subject	nagyfelbontású olvadási görbe analízis
dc.subject	módszeroptimalizálás
dc.subject	gombadiagnosztikai protokoll
dc.subject	species based diagnosis
dc.subject	β-tubulin gene
dc.subject	quantitative real-time PCR
dc.subject	high resolution melting analysis
dc.subject	method optimization
dc.subject	fungal diagnostic protocol
dc.subject.discipline	Elméleti orvostudományok	hu
dc.subject.sciencefield	Orvostudományok	hu
dc.title	Nagyfelbontású olvadási görbe analízisen alapuló PCR esszék fejlesztése klinikailag releváns Aspergillus és Candida fajok kimutatására	hu_HU
dc.title.translated	Development of high resolution melting analysis based PCR assays for the species level identification of clinically relevant Aspergillus and Candida fungi	hu_HU
dc.type	PhD, doktori értekezés	hu

Nagyfelbontású olvadási görbe analízisen alapuló PCR esszék fejlesztése klinikailag releváns Aspergillus és Candida fajok kimutatására

Fájlok

Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)

Engedélyek köteg

Gyűjtemények