A könyvtár életében jelentős fordulópontot jelentett, mikor megbízták a kötelespéldányok gyűjtésére és őrzésére, de a könyvtár munkájának elismerését is mutatta, amikor felkérték, hogy átvegye a lefoglalt szerzetesi rendházak könyvtárait. A nemzeti könyvtárrá való kinevezése volt mégis a legkiemelkedőbb. Így minden Magyarországon megjelent kiadvány a könyvtár birtokába jutott. Az évek óta húzódó vitát a Debreceni Kollégiumi Könyvtárral is sikerült lezárni és megállapodást kötni az állományának használatára és a közös együttműködésre. 1966-ban már regionális jelleggel ruházták fel a könyvtárat, ami újabb feladatokat rótt a könyvtárra, de elmondhatjuk, hogy tökéletesen teljesítette a feladatát és megérdemelte a bizalmat, olyannyira, hogy 1976-ban már nemzeti könyvtári jelleggel ruházta fel a Kulturális Minisztérium. A törvény kiadási után 1980-ban az intézmény új neve Kossuth Lajos Tudományegyetem Egyetemi és Nemzeti Könyvtár lett, a rákövetkező évben pedig a művelődési miniszter I. osztályú tudományos könyvtárrá minősítette. Az egységes könyvtári rendszer megvalósításának alapja volt 1991-ben aláírt Universitas alapító okirata, melynek tagjai a Kossuth Lajos Tudományegyetem, az Agrártudományi Egyetem, a Református Teológiai Akadémia, az Orvostudományi Egyetem és a Magyar Tudományos Akadémia Atommagkutató Intézete. Az Universitas által beadott és elnyert pályázatnak köszönhetően 1992-ben már a VOYAGER integrált könyvtári rendszer béta verziójával dolgozhattak. 1996-ra az egyetemi könyvtár már rendelkezett online katalógussal, ebben az évben megindult a számítógépes kölcsönzés, 1997 januárjától pedig már előjegyzésre is volt lehetőség. 2000. május 25-én hozott döntést az Egyetemi Tanács, mely szerint a Debreceni Egyetem jogelőd intézményeinek könyvtárai összevonásra kerülnek és egységes irányítású és szerkezetű központi egységként működik tovább 2001. január 1-jétől. Miután 2000 januárjában megalakult a Debreceni Egyetem, az intézmények könyvtárainak egyesülésére 2001-ben került sor. Az egyesüléssel létrejött az egységes szervezetű, irányítású és gazdálkodású Debreceni Egyetem Egyetemi és Nemzeti Könyvtára (DEENK). 2001 szeptemberétől vezették be az egységes olvasójegyet. A szakkönyvtári rendszer kialakítása tette lehetővé a Kassai úton a Társadalomtudományi Könyvtár és az Élettudományi Könyvtár a létrehozását. 2011-ben pedig Szőcs Géza államtitkártól Minősített Könyvtár címet vehetett át a könyvtár az országban elsőként.