Léteznek olyan enzimek, melyek az eredeti mikroorganizmusban csak kis mennyiségben termelődnek. A jobb eredmények elérése érdekében a kívánt enzim termeléséért felelős géneket egy másik mikroorganizmusba helyezik. Ezt nevezik heterológ enzimtermelésnek. Ezzel a módszerrel sok esetben nagyobb mennyiségű fehérje nyerhető. A heterológ expresszió különböző expressziós rendszerekben valósulhat meg. A fonalas gomba expressziós rendszerek elterjedtnek számítanak manapság. Leggyakrabban Aspergillus fajokat, T. reesei-t és N. crassa-t használnak. Segítségükkel számos heterológ enzimet lehet termelni, melyeket a különböző iparágakban felhasználhatnak.