Az antibiotikumok felfedezése jelentős előrelépés volt a baktériumok okozta fertőzések kezelésében és a tudomány fejlődésével egyre hatékonyabb, specifikusabb vegyületek jöttek létre. A fogorvoslásban ezek főként súlyos komplikációk, például IE vagy MRONJ megelőzésére, valamint odontogén és parodontális fertőzések empirikus és célzott kezelésére szolgálnak, az egészségügyi szervezetek ajánlásai alapján. Elsőként a szájon át adható penicillin-tartalmú készítmények, mint az amoxicillin vagy amoxicillin–klavulánsav kombináció alkalmazandóak; penicillinallergia esetén cefalosporinok vagy makrolid antibiotikumok jöhetnek szóba, míg a clindamycin szerepe folyamatosan háttérbe szorul. Fontos azonban a túlzott és indokolatlan antibiotikum használat kerülése, mert növeli a multirezisztens kórokozók számát, ami súlyos egészségügyi problémát jelent. Ezek a baktériumok mutációk és biokémiai mechanizmusok révén képesek ellenállni a gyógyszereknek, miközben a környezetben is felhalmozódnak. A megoldást az egészségügyi ellátás és szűrőprogramok fejlesztése, a szorosabb receptírási kontroll, valamint stabilabb antimikróbás szerek jelenthetik. A szájüregi baktériumok a mikrobiom részét képezik, és egyensúlyuk megbomlása különböző betegségekhez vezethet, ezért a mikroflóra módosítására irányuló kutatások új terápiás és preventív lehetőségeket, például prebiotikumok és probiotikumok alkalmazását kínálják.