Az emberi kommenzális flórát javarészt a Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria és Actinobacteria törzsbe tartozó baktériumok óriási tömege alkotja. A bélhez társult limfoid szövetek (GALT) alkotják a bél immunrendszerét, melyben számos immunsejt megtalálható. A bélben található mikróbákat az immunrendszer mintázatfelismerő receptorai, a Toll-szerű receptorok, NOD-szerű receptorok, peptidoglikán felismerő fehérjék érzékelik. A receptorok által érzékelt mintázatok a bakteriális alkotókat foglalják magukban, mint a peptidoglikánok, lipopoliszacharidok. A mikrobióta által termelt metabolitok, mint a rövid láncú zsírsavak, epesavak vagy a B. fragilis poliszacharid A, az immunrendszer gyulladásos folyamatait szabályozzák. A bél mikrobióta változásai a központi idegrendszerre is hatással vannak, kialakítva a bél-agy tengelyt.