A faecalis microbiota transplantatio során egy egészséges donor székletét juttatjuk be a recipiens gastrointestinalis tractusába azzal a céllal, hogy helyreállítsuk, befolyásoljuk, esetleg megváltoztassuk a bélflóráját, így elősegítsük olyan betegségek gyógyulását, melynek kialakulásában szerepet kaphat a felborult, károsodott intestinalis microbiota összetétel. A módszert a Clostridium difficile fertőzés súlyos, therapiára nem reagáló, visszatérő eseteiben használják eredményesen. Az eljárás során a donornak kiválasztott személy egy részletes szűrővizsgálaton esik át, majd az általa szolgáltatott székletet először hígítják, homogenizálják és szűrik. Az így elkészült széklet graft bejuttatható a betegbe az alsó vagy a felső tápcsatornáján keresztül. A széklettransplantatio hatásosnak és biztonságosnak bizonyult, valamint váratlan hatásként beszámoltak egyéb betegségek javulásáról is a terápia kapcsán. Az FMT-vel kapcsolatban számos fejlesztési lehetőség adódik, köztük olyanok, melyek a széklet graftot próbálják helyettesíteni egyéb anyagokkal, valamint magával a graftok előállításával kapcsolatban is számos kutatás folyik.