Felszíni vizeink sokrétű szennyező forrásnak vannak kitéve, mint a mezőgazdaságból származó szervetlen műtrágyamaradványok vagy a nem megfelelően kezelt ipari és kommunális szennyvizek. E terhelések következménye a felszíni vizek eutrofizációja és az ennek következtében kialakuló vízvirágzás, melyet gyakran prokarióta cianobaktériumok okoznak.