BIOINFORMATIKA

Dátum
2012-06-12T07:51:23Z
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
Absztrakt

Informatikus hallgatóként lehetőségem adódott egy bioinformatikával foglalkozó cégnél gyakornoki munkát végezni. A bioinformatika napjaink egyik legintenzívebben fejlődő tudomány területe. Az egyik fő szakterülete a molekuláris bioinformatika, amely az élő szervezetekben fellelhető információhordozó molekulákat (a DNS-t) alkotó bázispárok sorrendjének meghatározásával, feldolgozásával, értelmezésével foglalkozik. Rengeteg lehetőség van ezen adatok felhasználására, kezdve a különböző betegségek vizsgálatától, evolúciós kérdések tisztázásán keresztül, bűnügyi esetek megoldásáig. A dolgozatom keretén belül az úgy nevezet összetett szekvenciaillesztés problémájával szeretnék foglalkozni. Szekvenciaillesztés alatt azt a folyamatot értjük amikor két DNS/RNS szekvenciát egymáshoz hasonlítunk, megkeresve bennük az egyezőségeket/különbözőségeket. Összetett szekvenciaillesztés során nem két hanem több ilyen biológia szekvencia összevetése történik. Ez egy nagy számítási időt igénylő feladat. Majd a későbbiek folyamán látni fogjuk, hogy a feldolgozási idő exponenciálisan nő a szekvenciák számának függvényében. Ennek a problémának a megoldására a ClustalW algoritmust fogom implementálni. Bemutatom majd, hogyan lehet ezt az algoritmust a manapság divatos grid számítási módszer (cloud computing) segítségével gyorsabbá és hatékonyabbá tenni. Célom, hogy betekintést nyújtsak a bioinformatika jelentőségére, emellett felvázoljam a grid számítási rendszerekben rejlő lehetőségeket.

Leírás
Kulcsszavak
bioinformatika, java
Forrás