Az elmúlt évtizedben jelentősen bővült a tudásunk az R-loop-ok biológiai működéséről és a funkciójáról. Az R-loop-okat évek óta, mint egyfajta veszélyes transzkripciós melléktermékeknek tekintik és a kutatók csak most kezdik felismerni, hogy jelentős szabályozó szerepük lehet a gének működésében. Ezek alapján az R-loop-ok egyszerre káros struktúrák és a génexpresszió finom koordinátorai is. Az elkövetkező években nagy kihívást jelent a kutatóknak, hogy megértsék a számos sejtfolyamatban résztvevő R-loop-ok negatív funkcióit hogyan akadályozzák meg a sejtek és hogyan engedélyezik a pozitív hatásaikat.