Az olyan gombákat melyek intra- vagy intercellurálisan kolonizálnak növényeket endofitonoknak nevezzük. A legtöbb esetben ezek a gombák megfertőzik a növényeket, általában a növény hajtásain növesztenek spóra termelő képződményeket és így terjednek tovább új gazdanövényre. Ritka esetben az endofiton gombák elvesztették szexuálisan történő szaporodási képességüket. Az ilyen gombák csak vertikálisan tudnak terjedni, hifáikkal beszövik a gazdanövény magvait és csak az utód növényt kolonizálják. Az Epichloë nemzetség számos olyan endofiton gombát foglal magába, amely ilyen viselkedést mutat. Érdekességük, hogy gyakran nem is okoznak a növény számára fertőzést, sőt a gomba által termelt alkaloidok megvédik őket a növényevő állatoktól, vagy csökkentik a versenytársak csírázási képességét. Az endofitonok által termelt alkaloidok meg nem teljesen karakterizáltak, sem pontos bioszintetikus útjaikat, sem pontos hatás mechanizmusukat nem ismerjük még teljesen.