Összefoglalás

A Coelomycetes osztályba tartozó Phoma genus világszerte elterjedt, többségében fitopatogén, opportunista parazita vagy szaprofiton életmódot folytató gomba fajokat foglal magába. Ezen fajok a morfológiai és szimptomatológiai bélyegek alapján egymástól alig megkülönböztethetőek, ami miatt taxonómiájukban a mai napig nagy a bizonytalanság. Az átfedő alaktani bélyegek indokolttá teszik a fajok molekuláris taxonómiai vizsgálatát. Molekuláris analíziseinkben olyan filogenetikai markereket alkalmaztunk (tef1, ITS, β-tubulin), melyek megfelelőnek bizonyultak a faji szintű rokonsági kapcsolatok vizsgálatára a Phoma genus izolátumainál. Ezek között a tef1 gén – melyet korábban még nem hasonlóak filogenetikai rokonságvizsgálati céllal e gomba csoportban – bizonyult a legmegbízhatóbbnak. A Phoma fajokat molekuláris markerekkel sikerült egyértelműen elkülöníteni a közeli rokon Ascochyta nemzetség fajaitól. A több izolátummal képviselt fajok mind egy csoportba kerültek (P. pinodella, P. exigua, P. glomerata, P. plurivora), amely megerősíti a markerek alkalmasságát nemcsak a fajon belüli izolátumok vagy fajkomplexek összehasonlítására, hanem az egyes fajok elkülönítésére is a Phoma genus-ban. Három különböző nukleotid-alapú filogenetikai módszert alkalmaztunk (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Bayesian method) az egyes markerek összehasonlításában, egyenként megvizsgálva azok előnyeit és hátrányait. Tapasztalataink alapján a karakteralapú filogenetikai módszerek közül a Bayesian módszer tűnik a legmegfelelőbb választásnak megbízhatósága és viszonylag egyszerű kezelhetősége miatt. Vizsgálataink alapján javasoljuk a Phyllosticta sojicola Massal. fajnév szinonimként való használatát a P. exigua Desm. var. exigua fajhoz tartozóan, valamint a P. sojicola (Abramov) Kövics et al. szinonim elnevezéskénti alkalmazását a P. pinodella (L.K. Jones) Morgan-Jones & K.B. Burch faj részeként.

Summary

Coelomycetous fungi classified in Ascochyta, Phoma, and Phyllosticta have been recorded from spots on leaves and pods of soybeans. Since these species are very similar to each other both symptomatically and morphologically, and strain-dependent variability it is hard to delimit them. Consequently, this has resulted in uncertainity and misidentification in their taxonomy. Therefore there is a need to develop additional rapid molecular methods to enable accurate identification. We have selected phylogenetic markers (tef1, ITS, β-tubulin) that were suitable for phylogenetic studies and identification at species level within the Phoma genus. Phylogenetic studies of the two protein-encoding genes tef1 and β-tubulin, together with the ITS sequences yielded consensual results. The highest resolution could be revealed by the analysis of tef1 gene, whereas sequences of ITS and β-tubulin showed the lowest polymorphism among the examined Phoma species. According to the phylogenetic trees based on molecular markers, the Phoma species were well separated from the closely related Ascochyta taxa. The species represented by more than one isolate were classified in the same subgroup (P. pinodella, P. exigua, P. glomerata, P. plurivora), which prove that the molecular sequences are well suited for delineating phylogenetic relationships within the Phoma genus. For phylogenetic analysis, three different character-based methods were used (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Bayesian method) to evaluate their applicability of each marker. In our experience, the most suitable method seemed to be the Bayesian analysis due to its complexity, reliability and fastness. Based on the Genealogical Concordance Phylogenetic Species Concept, we suggest the re-classicfication of Phoma sojicola (Abramov) Kövics et al. as synonymous with P. pinodella (L.K. Jones) Morgan-Jones & K.B. Burch as well as Phyllosticta sojicola Massal. as synonymous with Phoma exigua Desm. var. exigua.