A növények természetes módon való rendszerezése új lendületet vett az összehasonlító technikák fejlődése révén, a makromolekulák vizsgálata több és hitelesebb információval szolgál, mint a korábbi, molekuláris analíziseket nem használó rendszerezés. Így a csoportosításához a morfológiai, sejttani, élettani jellegek mellett a genetikai jellemzőket veszik figyelembe. A molekuláris alapokon való vizsgálat során a különböző molekulák tulajdonságait, felépítését vizsgálják és hasonlítják össze. A növények másodlagos anyagcsere termékei, fehérjék, RNS és DNS szekvenciák, használhatók e célra. Ezen makromolekulák biológia vizsgálatához különböző technikák használhatóak, többek közt: PCR, AFLP, RAPD, DNS szekvenálás, fehérjék aminosav sorrendjének, és térbeli szerkezetének vizsgálata. A kinyert fragmentumokból számítógépes programok készítenek összehasonlítást, majd törzsfát. A megbízható törzsfa létrehozásához több gén, illetve szekvencia összehasonlítása, analízise szükséges, minél nagyobb számú taxon bevonásával. A több taxon pedig annál hasznosabb minél hosszabbak a gén szekvenciák. A már kihalt élőlények megkövesedett, lenyomatként fennmaradt leletei szintén hasznosak, amikor egy fejlődésvonal evolúciós történetét szeretnénk kideríteni. Filogenetikai fa létrehozásához tehát a növényekből származó makromolekulákat kell kinyerni, analizálni ezek felépítését, így számítógépes programokkal összehasonlíthatóak, ekkor hasonlóság alapján törzsfa készíthető el. Az így nyert molekuláris eredményeket fenotipikus adatokkal, és a földtörténet régebbi koraiból származó leletekkel kell összevetni, hogy a törzsfa valóságot hűebben tükrözze. A szakdolgozat célja, hogy a növények molekuláris rendszertanának különböző módjait bemutassa, és legújabb eredményei közül ismertessen néhányat.