Peripheral Blood Gene Expression Profiling as a Tool in Exploring the Pharmacogenomics of Autoimmune Diseases

Absztrakt

The future of medicine will clearly be centered around personalized care and clinical genomics meaning that every individual will receive prevention tips, diagnosis and therapy based on the combination of their own genomic background and lifestyle. Obtaining peripheral blood mononuclear cells is less invasive compared to biopsies and contain cells affected by inflammation, such as circulating monocytes, T- and B-lymphocytes. Therefore gene expression profiles of PBMC may reflect pathomechanisms of the disease, but not necessarily, that is why extending pharmacogenomic markers to clinical application through the development of assays based on gene panels is the key challenge. We analyzed the gene expression backgrounds of chronic inflammatory conditions; identified genes that predict response to tocilizumab therapy in rheumatoid arthritis; and built a biostatistical algorithm that made the generation of gene panels with a high discriminatory power between responders and non-responders in rheumatoid arthritis and Crohn's disease in infliximab therapy automatic which resulted in the identification of over 9500 gene panels in each condition with a 100% segregation regarding responder status. A jövő orvoslását a személyre szabott orvoslás fogja meghatározni, mely lehetővé teszi, hogy mindenki a saját genomikai hátterének megfelelő kezelést, betegségmegelkőzési tanácsokat és diagnosztikát kapjon. A génexpressziós profilozást egyre gyakrabban alkalmazzák klinikai vizsgálatokban is, ami történhet perifériás vér mononukleáris sejtjeiből (PBMC), teljes vérből, biopsziás mintákból, vagy más mRNS forrásból. Célunk olyan génpanelek meghatározása volt perifériás vérből, melyek autoimmune betegségeket választanak el egészségesektől, vagy biológiai terápiák válaszkészségét prediktálják. Azonosítottuk autoimmun betegségek PBMC génexpressziós mintázatait; meghatároztuk a tocilizumab válaszkészséget rheumatoid arthritisben; és az infliximab válaszkészséget rheumatoid arthritisben és Crohn betegségben bioinformatikai elemezést is bevonva a vizsgálatba.

Leírás
Kulcsszavak
autoimmunity, autoimmunitás, PBMC, pharmacogenomics, genomics, PBMC, farmakogenomika, genomika
Forrás