A Crohn-betegség etiológiája továbbra sem ismert, ami jelentősen megnehezíti a betegség kezelését. A terápia célja a tünetekért felelős gyulladás csökkentése és ezáltal a remisszió elérése és fenntartása, a beteg életminőségének javítása. A Crohn-betegség legrégebb óta alkalmazott szerei közé tartoznak az aminoszalicilátok, amelyeket enyhébb betegségben és a fenntartó kezelésben használnak. A súlyosabb állapotú betegeknél évtizedek óta használják a glukokortikoidokat, az immunszuppresszív szereket és egyes antibiotikumokat. A betegség kezelésében az elmúlt években jelentős újítások mentek végbe. A változás talán legfőbb eleme, hogy megjelentek a kezelésben az új, ún. biológiai szerek, amelyek egyre hatékonyabbak a gyógyszeres kezelésre rezisztens esetekben, valamint a szövődményes betegség kezelésében. Jelenleg is folynak különböző kutatások, amelyek további biológiai szerek hatásait vizsgálják. Legtöbb közülük a proinflammatorikus cytokinek, adhéziós molekulák gátlása vagy a T-sejtek stimulációjának blokkolása útján fejtik ki a hatásukat. A három talán legígéretesebb új molekula az ustekinumab, a SMAD7 antiszensz oligonukleotid és a vedolizumab. Az elmúlt évben a vedolizumab használatát a középsúlyos és súlyos, anti-TNF terápiára nem megfelelően reagáló Crohn-betegeknél az USA-ban és több európai országban is engedélyezték. Az ustekinumab és a SMAD7 antiszensz oligonukleotid hatásosságát és biztonságosságát még vizsgálják.