A Zygosaccharomyces genushoz tartozó fajoknak fontos jelentőséget tulajdonítanak az élelmiszeriparban. Az élelmiszerek, a borok szennyezőiként tartják őket számon. Üledéket képeznek, zavarosságot, kellemetlen szagot és ízhibát okozhatnak. A szennyező élesztőgombák gyors azonosítása fontos az élelmiszeripar számára. A Zygosaccharomyces fajok kimutatására több módszer is létezik, ilyenek például a rDNS 5.8S-ITS régiójának restrikciós elemzése, vagy a 26S rRNS D1/D2 doménjának szekvencia elemzése. A törzsek tipizálása is kiemelkedő fontosságú, az erre használatos technikák a mitokondriális DNS restrikciós analízise, a mikroszatellitek vizsgálata és az elektroforetikus kariotipizálás.