Optimizing fluorescence resonance energy transfer measurements

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorSzöllősi, János
dc.contributor.authorFábián, Ákos
dc.contributor.departmentMolekuláris orvostudomány doktori iskolahu
dc.contributor.submitterdepDE--OEC--Általános Orvostudományi Kar -- Biofizikai és Sejtbiológiai Intézet
dc.date.accessioned2013-04-25T07:25:06Z
dc.date.available2013-04-25T07:25:06Z
dc.date.created2013hu_HU
dc.date.defended2013-05-06
dc.date.issued2013-04-25T07:25:06Z
dc.description.abstractFluorescence resonance energy transfer (FRET) is a non-radiative short distance transfer of energy from an excited donor to an acceptor molecule. The rate of energy transfer is inversely proportional to the sixth power of the distance between the donor and acceptor, therefore the efficiency of energy transfer strongly depends on the intermolecular distance of the donor to the acceptor. This distance dependence was exploited by Stryer and Haugland who first utilized FRET as a “spectroscopic ruler” to measure the distance between two molecules. FRET theory describes the interaction of one donor with one acceptor, however in biological samples interaction of one donor with one acceptor is not guaranteed. Multiple acceptors interacting simultaneously with the same donor will increase the rate constant of energy transfer. This results in increased transfer efficiency without closer proximity between donor and acceptor. We therefore sought to investigate how measured transfer efficiency is influenced by multiple interacting fluorophores. This was achieved by varying the fluorophore-to-protein ratio of fluorescently labeled antibodies and observing the changes in FRET efficiency in an intramolecular model system. Originally, FRET was limited to viewing the interaction between one donor and one acceptor species. However, in the early 2000’s it was realized that the addition of a third dye could expand the capabilities of traditional FRET measurements. First of all, functioning as a relay point, the third dye increased the interaction range that could be viewed with FRET. Secondly, the third dye allowed FRET to be viewed between three distinct molecular species, so that the relative orientation of three molecules could be assessed at the same time. This has significant potential for biological investigations, where higher order multimers and multi-component signaling complexes play important roles in governing biological function. Several methods have been developed to measure FRET in a three-dye system. However, the complexity of the three dye system required simplification, either through extensive sample preparation, restricted sample selection or neglecting of transfer routes. We therefore developed a new method – tripleFRET – that can be implemented with a broad range of biological samples and does not require specific sample preparation beyond fluorescent labeling. A fluoreszcencia rezonancia energiatranszfer (FRET) egy rövid hatósugarú, sugárzásmentes energia átadás egy gerjesztett donor és egy akceptor molekula között. Az energiatranszfer átmenet valószínűsége fordítottan arányos a donor és akceptor közötti távolság hatodik hatványával, így az energiatranszfer hatékonysága is nagyfokú távolság függést mutat. Ezt a távolság függést használta ki Stryer és Haugland, akik először alkalmazták a FRET-et mint „spektroszkópiai vonalzót”. A FRET elmélete egy donor kölcsönhatását írja le egy akceptorral, azonban biológiai mintákban az egy donor-egy akceptor kölcsönhatás nem biztosítható. Ugyanazzal a donorral egyidejűleg kölcsönható több akceptor növeli az energiatranszfer átmenet valószínűségét. Ez nagyobb transzfer hatékonyságot eredményez anélkül, hogy csökkenne a donor és akceptor közötti távolság. Ezért meg akartuk határozni, hogy több kölcsönható fluorofór hogyan befolyásolja a mért transzfer hatékonyságot. Ehhez egy intramolekuláris modell rendszerben a jelöléshez használt antitestek fluorofór/protein arányát változtattuk és megfigyeltük a mért transzfer hatékonyság változását. Eredetileg a FRET módszerek két festék közötti kölcsönhatás vizsgálatára korlátozódtak. Aztán a 2000-es évek elején felfedezték, hogy egy harmadik festék hozzáadásával bővíthető a hagyományos FRET módszerek hatékonysága. Először is, a harmadik festék „átjátszó toronyként” képes megnövelni a FRET-tel vizsgálható távolság tartományt. Másodszor, a harmadik festék lehetővé tette, hogy egyidejűleg három különböző molekula között lehessen FRET-et és így kölcsönhatást mérni. Ennek nagy jelentősége lehet biológiai kísérletek esetén, ahol magasabb rendű multimerek és több-tagú jelátviteli komplexek fontos szerepet játszanak a biológiai funkció vezérlésében. Több módszert is kifejlesztettek a FRET mérésére három festékes rendszerekben. A három festékes rendszer bonyolultsága ugyanakkor számos egyszerűsítést tett szükségessé, akár munkaigényes minta előkészítéssel, korlátozott mintaválasztással vagy bizonyos transzfer folyamatok elhanyagolásával. Ezért fejlesztettünk ki egy új módszert – tripleFRET – amelyet a biológiai minták széles körével lehet alkalmazni és nem igényel különösebb minta előkészítést a minták fluoreszcens jelölését leszámítvahu_HU
dc.description.correctorNE
dc.format.extent74hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/165623
dc.language.isohuhu_HU
dc.language.isoenhu_HU
dc.subjectFluorescence resonance energy transferhu_HU
dc.subjectFluoreszcencia rezonancia energiatranszferhu_HU
dc.subjectFREThu_HU
dc.subjectFlow cytometryhu_HU
dc.subjectÁramlási citometriahu_HU
dc.subjectAcceptorhu_HU
dc.subjectAkceptorhu_HU
dc.subjectDonorhu_HU
dc.subjectThree-dye FREThu_HU
dc.subjectHárom festékes FREThu_HU
dc.subjectMulti-fluorophore FREThu_HU
dc.subjectTöbb festékes FREThu_HU
dc.subjectInter-dye distancehu_HU
dc.subjectFesték-közötti távolsághu_HU
dc.subject.disciplineElméleti orvostudományokhu
dc.subject.sciencefieldOrvostudományokhu
dc.titleOptimizing fluorescence resonance energy transfer measurementshu_HU
dc.title.translatedFluoreszcencia rezonancia energiatranszfer mérések optimalizálásahu_HU
Fájlok
Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)
Megjelenítve 1 - 8 (Összesen 8)
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_ertekezes.pdf
Méret:
3.92 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Az értekezés angolul - Nem hozzáférhető
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_meghivo.pdf
Méret:
260.93 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Meghívó a disszertáció nyilvános vitájára - Nem hozzáférhető
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_tezis_magyar.pdf
Méret:
1.22 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
A tézisek magyarul - Nem hozzáférhető
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_tezis_angol.pdf
Méret:
1.08 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
A tézisek angolul - Nem hozzáférhető
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_ertekezes-t.pdf
Méret:
3.84 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Az értekezés angolul
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_meghivo-t.pdf
Méret:
261.7 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Meghívó a disszertáció nyilvános vitájára
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_tezis_angol-t.pdf
Méret:
1.08 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
A tézisek angolul
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Fabian_Akos_tezis_magyar-t.pdf
Méret:
1.22 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
A tézisek magyarul
Letöltés
Gyűjtemények
Molekuláris Orvostudomány Doktori Iskola