Egy adott terület mikrobiológiai fertőzöttségének tanulmányozása során a fonalas gomba fajok pontos meghatározása rengeteg információval szolgál. Ehhez célszerű először a morfológiai, majd pedig a molekuláris biológiai módszereket alkalmazni. A morfológiai módszerek csupán nemzetségszintű azonosítást tesznek lehetővé, ez azonban nem tükrözi a filogenetikai kapcsolatokat, így hiányosak a mikrobaközösségekről kapott információink. Az egyes nemzetségekbe tartozó fajok száma elérheti akár az ezret is, a morfológiai hasonlóságok miatt pedig megtévesztő eredményeket kaphatunk a fajazonosítás során. Kutatásunk során célul tűztük ki egy szőlőültetvény tőkeelhalás betegség megjelenésének felmérését a Szekszárdi Borvidéken. A beérkező 21 mintából számos fonalas gombát sikerült kitenyészteni, melyeket először a makro-és mikromorfológiai jellemzők alapján határoztunk meg nemzetség szintjén. Ezt követően a fajszintű azonosítást a riboszomális DNS régióban található ITS szakaszok elemzésével végeztük el. A rokonsági kapcsolatok feltérképezéséhez filogenetikai törzsfákat készítettünk. Vizsgálataink során 44 izolátum morfológiai és 24 izolátum molekuláris biológiai azonosítását végeztük el. A DNS alapú fajazonosítás során 7 Epicoccum nigrum, 4 Alternata alternaria, 4 Alternaria tenuissima, 3 Lasiodiplodia viticola, 2 Fusarium proliferatum, 1 Lasiodiplodia pseudotheobromae, 1 Leptosphaerulina chartarum, 1 Diplodia seriata és további 1 Didymella pomorum fajt identifikáltunk. Összességében elmondható, hogy a morfológiai elemzéseken túl a molekuláris biológiai módszerek alkalmazása is szükséges a pontos fajazonosításhoz. A Szekszárdi Borvidéken végzett kutatásunk első eredményei azt mutatják, hogy a tőkeelhalás betegség és a vele kapcsolatba hozható kórokozók jelen vannak a vizsgált ültetvényben.