Fekete gombák összehasonlító elemzése bioinformatikai módszerekkel
Fájlok
Dátum
Authors
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
DOI
Absztrakt
A fekete gombák extremofil élőlények, amelyek rendkívül ellenállóak a szélsőséges környezeti stresszhatásokkal szemben, mint például az Antarktisz zord körülményei. Jelen diplomamunka célja 118 fekete gomba faj és 2 kontroll faj proteomjának összehasonlító bioinformatikai elemzése volt az extrém környezethez való adaptációs mechanizmusok azonosítása érdekében. Az elemzés során ortológ csoportokat azonosítottunk (OrthoMCL), becsültük a fajok ploiditását, hierarchikus klaszterezést és GO dúsulási elemzést végeztünk, valamint prediktáltuk a fehérjék rendezetlenségét. Az eredmények jelentős változatosságot mutattak a proteomméretekben, és kimutatták, hogy a poliploiditás jellemző az antarktiszi fajokra, különösen az F. endolithicus-ra. A dúsulási elemzés specifikus géncsoportok eltérő jelenlétét tárta fel az antarktiszi és nem-antarktiszi fajok között (pl. nem riboszomális peptid szintézis, poliszacharid-bontás), ami adaptív stratégiákra utalhat. A fehérjék rendezetlenségi mintázatai szintén élőhelyhez és ploiditáshoz köthető eltéréseket mutattak, különösen a Cryomyces nemzetségben és a poliploid fajokban. Ezek az eredmények hozzájárulnak a fekete gombák extrém stressztoleranciájának molekuláris hátterének megértéséhez.