A KI-67, FLT3 ÉS JAK2 gének mutációinak vizsgálata tumoros sejtvonalakban és colorectalis carcinomás betegek mintáiban

Bubán, Tamás

A KI-67, FLT3 ÉS JAK2 gének mutációinak vizsgálata tumoros sejtvonalakban és colorectalis carcinomás betegek mintáiban

dc.contributor.advisor	Antal-Szalmás, Péter
dc.contributor.author	Bubán, Tamás
dc.contributor.department	Klinikai orvostudományok doktori iskola	hu
dc.contributor.submitterdep	DE--OEC--Általános Orvostudományi Kar -- DE--OEC--Általános Orvostudományi Kar --
dc.date.accessioned	2012-11-15T14:09:34Z
dc.date.available	2012-11-15T14:09:34Z
dc.date.created	2012	hu_HU
dc.date.defended	2012-11-30
dc.description.abstract	A vastagbélrák (CRC) a fejlett országok többségében a második leggyakoribb daganatos halálozási okként szerepel. Mind a sporadikus, mind az örökletes CRC hátterében környezeti és genetikai tényezők is közrejátszanak, amelyek közül jónéhányat sikerült már azonosítani. Munkánk során sporadikus és örökletes CRC-s esetek mintáit vizsgáltuk Ki-67, FLT3-ITD, -TKD és a JAK2 V617F mutációk után kutatva. Olyan fehérjék vizsgálatára helyeztük a hangsúlyt, melyek vagy a sejtosztódás szabályozásában töltenek be nélkülözhetetlen szerepet, vagy mutációik révén sejtproliferációt indukálnak. Az általunk vizsgált genetikai eltéréseket örökletes CRC-s betegekben korábban még nem tanulmányozták, a sporadikus eseteket illetően is kevés adat áll rendelkezésre. A Ki-67 fehérje szerepet játszik a magasabb rendű kromatin struktúra és a sejtciklus szabályozásában, így a fehérje hiánya vagy szerkezetének módosulása szerepet játszhat bizonyos daganatok kialakulásában. Négy tumoros sejtvonalat vizsgálva 8 féle genetikai eltérést sikerült azonosítani a Ki-67 génben, melyek közül egy – korábban még le nem írt – 1-nukleotidos deléció kereteltolódást és trunkált fehérjét eredményez, 1 nem jár aminosav cserével, míg további 6 eltérés aminosav cserével járó polimorfizmus volt. A c.1300delC mutáció jelenlétét 26 sporadikus CRC-s beteg mintájában is megvizsgáltuk, de az eltérés nem volt kimutatható. Az FLT3-ITD, -TKD és a JAK2 V617F mutációk a myeloid malignomákhoz társuló gyakori genetikai eltérések. Első lépésként az FLT3-ITD kimutatására alkalmas genetikai módszerek validálását végeztük el, amit hasonló részletességgel korábban még nem publikáltak. Adataink azt mutatták, hogy a CE-t használó vizsgálómódszer a legalkalmasabb az FLT3-ITD mutáns/totál allél arány kimutatására és kvantitációjára. A multiplex ITD jelenlétének igazolása CE segítségével lehetséges, ha a mutáns allélek aránya 0,28% felett van, míg az ITD méretéről és helyéről a DNS szekvenálás adhat megbízható információt. A kontrollként szolgáló akut myeloid leukémiás populációban (107 beteg) az FLT3-ITD illetve az FLT3–TKD mutáció gyakorisága 25,2% és 5,6%, míg a polycythaemia verás betegek (99 személy) esetében a JAK2 V617F mutáció frekvenciája 86,9% volt, ami lényegében megfelel az irodalmi adatoknak. Ezután 26 sporadikus és 38 örökletes CRC-s beteg mintájában vizsgáltuk meg az FLT3-ITD, -TKD és a JAK2 V617F mutációk jelenlétét, azonban nem sikerült ezeket az eltéréseket kimutatni. Az FLT3 és a JAK2 mutációi nem voltak kimutathatóak a 6 Lynch szindrómás betegünk esetében sem, így ezek kialakulása az MMR gének kiesése esetében sem tűnik valószínűnek és vélhetően nincs szerepük sem az örökletes, sem a sporadikus CRC patogenezisében. Colorectal carcinoma is the second most frequent cancer cause of death in the majority of the developed countries. Environmental and genetic factors – many of which have been successfully identified – may play a role in the development of sporadic and hereditary CRC, too. In our study we analyzed samples of patients with sporadic and hereditary CRC searching for genetic alterations of Ki-67, FLT3 and JAK2 genes. We focused on such proteins which either play an essential role in regulation of cell cycle or in the case of their mutations induce an enhanced cell proliferation. The genetic alterations we studied have not been examined by others in patients with hereditary CRC and there are only limited data on sporadic cases, too. Ki-67 protein has a role in the regulation of higher chromatin structure and cell cycle, therefore lack of the protein or alteration of its structure may play a role in the development of certain tumors. Analyzing four tumor cell lines we have successfully identified 8 genetic alterations in the Ki-67 gene one of which – a one-nucleotide deletion that was not described earlier – was resulted in a frame shift and truncated protein, one mutation was not associated with amino acid change while other 6 alterations were polymorphisms with amino acid changes. We also searched for the presence of c.1300delC mutation in samples of 26 patients with sporadic CRC but it was not detectable. FLT3-ITD, -TKD and JAK2 V617F mutations are frequent genetic alterations accompanying to myeloid malignancies. As a first step we validated three genetic methods used for detection of FLT3-ITD which had not been published in such details previously. Our results suggest that CE is the most suitable method to detect and quantify the mutant/total allele ratio of FLT3-ITD. Verification of the presence of multiple ITDs is possible with CE if the ratio of the mutant alleles is above 0.28%, while DNA sequencing can provide reliable information about the exact size and location of ITD. The frequency of FLT3-ITD and –TKD mutation was 25.2% and 5.6% in the control group of 107 AML patients, while the rate of JAK2 V617F mutation was 86.9% in 99 PV patients similarly to data published in literature. Thereafter we analyzed the presence of FLT3-ITD and mutations of FLT3-TKD and JAK2 V617F in samples of 26 and 38 patients with sporadic and hereditary CRC but we could not find these alterations. Mutations of FLT3 and JAK2 genes were also not detectable in 6 patients with Lynch syndrome so their formation does not seem to be probable even in the case of loss of function of the MMR genes and they probably do play a role in the pathogenesis of neither sporadic nor hereditary CRC.	hu_HU
dc.description.corrector	NE
dc.format.extent	84	hu_HU
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/2437/150938
dc.language.iso	hu	hu_HU
dc.language.iso	en	hu_HU
dc.subject	Vastagbél daganat	hu_HU
dc.subject	Colon cancer	hu_HU
dc.subject	Lynch szindróma
dc.subject	Familiáris vastagbél daganat X típus
dc.subject	genetikai eltérés
dc.subject	Ki-67
dc.subject	FLT3-ITD
dc.subject	FLT3-TKD
dc.subject	JAK2 V617F
dc.subject	Lynch syndrome
dc.subject	Familial colorectal cancer type X
dc.subject	genetic alteration
dc.subject.discipline	Klinikai orvostudományok	hu
dc.subject.sciencefield	Orvostudományok	hu
dc.title	A KI-67, FLT3 ÉS JAK2 gének mutációinak vizsgálata tumoros sejtvonalakban és colorectalis carcinomás betegek mintáiban	hu_HU
dc.title.translated	Studying of Ki-67, FLT3 and JAK2 mutations in tumor cell-lines and in samples of patients with colorectal carcinomas	hu_HU