A pulpa és a periapikális tér kórfolyamatainak kialakulásában jelentős szerepet játszanak a fertőzött gyökércsatornában található mikroorganizmusok és azok anyagcsere termékei. A sikeres endodonciai kezelések kulcsfontosságú lépése a gyökércsatorna rendszer megtisztítása a nekrotikus pulpaszövettől, baktériumoktól, illetve a megmunkálás során keletkező endodonciai smear layertől. A gyökércsatornák lefutásának komplex anatómiája szinte lehetetlenné teszi azok csak mechanikus megmunkálását. Ezért napjainkban a gyökércsatornák kemomechanikai megmunkálását alkalmazzuk. Ennek során a különböző csatornák mechanikai műszerekkel (legyen az kézi vagy gépi) való előkészítését kiegészítjük kémiai vegyszerekkel történő átmosással. Ilyen átmosó folyadék például a nátrium-hipoklorit és a klórhexidin, melyeket jó szövetoldó és antibakteriális hatásuk miatt régóta alkalmazzák gyökérkezelések során. Jelenleg a nátrium-hipokloritot tekintjük a fő endodonciai irrigálószernek, ugyanis kitűnő módon képes feloldani a smear layer szerves elemeit. A szélesebb hatásspektrum elérése érdekében használhatunk például klórhexidint, másodlagos vagy kiegészítő irrigálószerként. A klórhexidin-oldattal történő végső irrigálás nagyon előnyös, ugyanis nagy affinitással kötődik a fog keményszöveteihez. Gyökérkezelés revíziója során alkalmazása nélkülözhetetlen a Gram-pozitív törzsekre kifejtett jó baktériumölő hatása miatt. Előfordulhat, hogy a gyökércsatornán belül meszesedéssel, denticulussal találkozunk, vagy a megmunkálás során képződött dentintörmeléknek és a smear layer szervetlen alkotóinak összetömörödése jelent fizikai akadályt a csatornán belül. Ezek feloldására úgynevezett kelátképző szereket használunk. Ebbe a csoportba tartozik az etiléndiamin-tetraecetsav röviden EDTA. Az átmosó folyadékok használata sokkal eredményesebbé és hatékonyabbá tette a smear layer eltávolítását a gyökércsatornákból. Ez nagyban hozzájárult hosszantartó, jó minőségű gyökértömések készítéséhez. A gyökércsatornák konformációja miatt azonban az irrigálószerek sok esetben nem képesek átmosni az egész csatornát, vagy légbuborékok miatt nem jutnak el annak apikális harmadába. Ezen problémák kiküszöbölésére különböző gépi eszközök és új módszerek kerültek kifejlesztésre, mint például a EndoActivator (EA), a szonikus aktiválás (EDDY), és a passzív ultrahangos irrigálás (PUI). Az előbb említett eszközök mindegyike hatásosan hozzájárul a közel törmelék és smear layer mentes csatornafalak kialakításához.