A humán SETMAR transzpozon fehérje molekuláris biológiai és genomikai vizsgálata

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorSzékvölgyi, Lóránt
dc.contributor.advisorMiskei, Márton
dc.contributor.authorVarga, Laura Anna
dc.contributor.departmentDE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai Intézethu_HU
dc.date.accessioned2021-04-30T09:50:26Z
dc.date.available2021-04-30T09:50:26Z
dc.date.created2021-04
dc.description.abstractA SETMAR fehérje a Hsmar1 transzpozáz és egy hiszton metiltranszferáz domén (SET) fúziójával jött létre a főemlősök genomjában közel 50 millió évvel ezelőtt. A SET domén specifikusan metilálja a H3 hiszton két lizin oldalláncát (H3K4me/H3K36me), míg a Mariner transzpozáz domén a DNS kötésért felelős. A SETMAR szerepet játszik bizonyos DNS repair folyamatokban (pl. NHEJ – nem homológ végek összekapcsolása) valamint összefüggésbe hozták különféle rákos folyamatok modulációjával, például a tumorsejtek apoptózisának gátlásával vagy a miRNS-ek szabályozásával. Ezen összetett folyamatok viszont nem magyarázhatók önmagában a SETMAR DNS javító funkciójával. Kísérletünk célja a SETMAR kromatinkötődésének a feltérképezése volt humán rákos sejtvonalakban. Modellrendszerünk egy olyan krónikus mieloid leukémia (CML) eredetű tumor sejtvonal volt (HAP1), amelyben az endogén SETMAR lókuszt CRISPR technikával inaktiváltuk, és egy kondicionálisan aktiválható, hemagglutinin tag-gelt alléllal helyettesítettük (pTET-ON::SETMAR-HA). A SETMAR-HA indukció dinamikáját kvantitatív western blot-tal karakterizáltuk (idő- és koncentrációfüggés), majd anti-HA antitestekkel végzett kromatin immunprecipitáció szekvenálással (ChIP-seq) meghatároztuk a SETMAR cisztromját (kromoszómális lokalizációját) a humán genomban. Az azonosított kötőhelyek annotációját bioinformatikai pipeline-ok segítségével végeztük (Viola Lívia szakdolgozat), és néhány reprezentáns csúcsot- NGS-független módszerrel (ChIP-qPCR) validáltunk. A ChIP-seq eredményeink alapján a SETMAR fehérje több fehérje kódoló génhez is kötődik. Megállapítottuk, hogy sejtosztódás és apoptózis jelátviteli útvonalainak (jellemzően MAPK útvonalak) szabályozásában vesz részt feltételezhetően a SETMAR. A felvetés megerősítése céljából felállítottunk egy speciális mérést a sejtek életképességének megfigyelésére, amely során apoptózist indukáltunk a sejtekben kemoterápiás szerrel (Doxorubicin). Az apoptotikus kezelésre a SETMAR indukált rákos sejtek ellenállóbbaknak bizonyultak.hu_HU
dc.description.courseBiotechnológiahu_HU
dc.description.degreeMSc/MAhu_HU
dc.format.extent34hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/307965
dc.language.isohuhu_HU
dc.subjectSETMAR/Metnasehu_HU
dc.subjecttranszpozázhu_HU
dc.subjecthiszton metil-transzferázhu_HU
dc.subjectChIP-seqhu_HU
dc.subjectMTT assayhu_HU
dc.subjectqPCRhu_HU
dc.subject.dspaceDEENK Témalista::Biológiai tudományok::Molekuláris biológiahu_HU
dc.subject.dspaceDEENK Témalista::Biológiai tudományok::Biokémiahu_HU
dc.titleA humán SETMAR transzpozon fehérje molekuláris biológiai és genomikai vizsgálatahu_HU
Fájlok
Gyűjtemények
Hallgatói dolgozatok (Biotechnológiai Intézet)