DNS folytonossághiányok vizsgálata Saccharomyces cerevisiae sejtekben

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorSzabó, Gábor
dc.contributor.authorHegedüs, Éva
dc.contributor.departmentMolekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskolahu
dc.contributor.submitterdepDE--OEC--Általános Orvostudományi Kar -- Biofizikai és Sejtbiológiai Intézet
dc.date.accessioned2010-08-31T23:24:15Z
dc.date.available2010-08-31T23:24:15Z
dc.date.created2010hu_HU
dc.date.defended2010-09-10
dc.date.issued2010-08-31T23:24:15Z
dc.description.abstractKolónia-képzési teszttel igazoltam, hogy a kromatin fragmentációs jelenséget nem-apoptotikus, 100 %-os életképességű élesztő sejtek mutatják. Logaritmikus és stacioner fázisú S. cerevisiae és S. pombe sejtekből származó, agarózba ágyazott deproteinizált kromatin 20-200 kb-os fragmentációját figyeltem meg S1 nukleáz emésztésüket, urea/hő-denaturációjukat, ill. alkalikus denaturálásukat követően egyaránt. Megállapítottam, hogy mindkét genomban hurok-méretű szakaszokat határoló egyszál folytonossághiányok találhatóak. S. cerevisiae sejteket G1-, S- és G2 sejtciklus fázisban szinkronizálva sem találtam számottevő eltérést a teljes genom fragmentációs mintázatában. Megállapítottam, hogy a hurok-méretű kromatin fragmentáció minden kromoszómára kiterjed S1 nukleáz, ill. urea/hő-denaturálást követően. S. cerevisiae I. kromoszómáján a hurok-méretű fragmentumokat kijelölő nick-ek és ARS szekvenciák egymás tágabb környezetében helyezkednek el. S. cerevisiae esetében kimutattam, hogy a 100-200 tandem ismétlődő, azonos szekvenciájú 9,1 kb-os egységekből felépülő mintegy 1,5 Mb-nyi rDNS klaszter hurok-méretű fragmentációt mutat, az össz-DNS-hez hasonlóan, S1 nukleáz és urea/hő-denaturálás hatására. Ez azt jelenti, hogy átlagosan minden 11. egységen belül fordulnak elő nick-ek – vagyis ezek előfordulását epigenetikai tényezők határozzák meg. rDNS specifikus Southern szonda segítségével térképeztem az rDNS szakaszokon belül a hurok-méretű fragmentációt kijelölő nick-ek helyét. Behatároltam annak a régiónak a helyét az rDNS egységeken belül, ahol a nick-ek előfordulása szabályosságot mutat: ez a RFB-ével esett egybe. Folytonossághiányok és RNS/DNS hibridek kimutatására alkalmas „Ab-Southern” módszert dolgoztam ki. Új elektroforetikus és mikrogyöngy alapú áramlási citometriás módszereket dolgoztam ki. ----- By the colony-forming test, I confirmed that the chromatin fragmentation phenomena observed reflect features of ~ 100 % viable cells. 20-200 kb fragmentation of agarose embedded deproteinized S. cerevisiae and S. pombe chromatin derived from logarithmic or stationery cultures were observed after S1 nuclease digestions and urea/heat- or alkaline denaturation, establishing that there are ss discontinuities marking loop-sized fragments in the genome of both yeast strains. I have not determined differences in the DNA fragmentation patterns of cells synchronized in G1-, S- or G2 phases. I have established that the loop-sized fragmentation can be detected in all of chromosomes of S. cerevisiae or S. pombe after S1 nuclease digestions and urea/heat- denaturations. Nicks and ARS sites exhibited an overall colocalization on chromosome I of S. cerevisiae. The ~1.5 Mb rDNA cluster containing 100 – 200 units of 9.1 kb showed loop-sized fragmentations similar to total DNA, i.e. nicks occur in every 11. unit on the average. The nicks in the rDNA units were mapped by Southern blotting using rDNA specific probes. One of the nicks coincides with a region of RFB. I have developed a new method called “Ab-Southern” to detect discontinuities and RNA/DNA hybrids in DNA molecules. New gelelectrophoretic and flow-cytometric microbead assays have been established as part of my Ph.D. work.hu_HU
dc.format.extent94 p.hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/98575
dc.language.isohuhu_HU
dc.language.isoenhu_HU
dc.subjectélesztőhu_HU
dc.subjectyeasthu_HU
dc.subjectkromatinhu_HU
dc.subjectchromatinhu_HU
dc.subjectfragmentációhu_HU
dc.subjectfragmentationhu_HU
dc.subjectrDNShu_HU
dc.subjectrDNAhu_HU
dc.subjecthurokhu_HU
dc.subjectloophu_HU
dc.subjectreplikációhu_HU
dc.subjectreplicationhu_HU
dc.subjectgélelektroforézishu_HU
dc.subjectgel electrophoresishu_HU
dc.subjectS. cerevisiaehu_HU
dc.subjectS. pombehu_HU
dc.subjectnickhu_HU
dc.subject.disciplineElméleti orvostudományokhu
dc.subject.sciencefieldOrvostudományokhu
dc.titleDNS folytonossághiányok vizsgálata Saccharomyces cerevisiae sejtekbenhu_HU
dc.title.translatedA Study of DNA Discontinuities in Sacchromyces Cerevisiae Cellshu_HU
Fájlok
Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)
Megjelenítve 1 - 9 (Összesen 9)
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_summary.doc
Méret:
25.5 KB
Formátum:
Microsoft Word
Leírás:
Eredeti összefoglaló (angol)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_ertekezes.doc
Méret:
8.19 MB
Formátum:
Microsoft Word
Leírás:
Eredeti értekezés (magyar)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_tezis_angol.doc
Méret:
293 KB
Formátum:
Microsoft Word
Leírás:
Eredeti tézis (angol)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_tezis_magyar.doc
Méret:
306 KB
Formátum:
Microsoft Word
Leírás:
Eredeti tézis (magyar)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_summary.pdf
Méret:
29.31 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Összefoglaló (angol)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_ertekezes.pdf
Méret:
1.82 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Értekezés (magyar)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_tezis_angol.pdf
Méret:
136.93 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Tézis (angol)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_tezis_magyar.pdf
Méret:
166.61 KB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Tézis (magyar)
Letöltés
Nem elérhető
Név:
Hegedus_Eva_meghivo.doc
Méret:
25.5 KB
Formátum:
Microsoft Word
Leírás:
Meghívó
Letöltés
Engedélyek köteg
Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
Nem elérhető
Név:
license.txt
Méret:
2.06 KB
Formátum:
Item-specific license agreed upon to submission
Leírás:
Letöltés
Gyűjtemények
Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola