A könnyfilm réteg egy olyan, fehérjékben gazdag, testfolyadék, amelyben a fehérjék mennyiségi változása utalhat egyes betegségek kialakulására, stádiumára vagy segíthet a diagnózis felállításában. A könny diagnosztika alkalmazásának előnyei, hogy a vérvétellel szemben a könny mintavétel nem invazív, a szemfelszíni könnyréteget egy, a szem külső sarkához érintett kapillárissal gyűjtik be, nem áll fenn a fertőzés veszélye, valamint költsége körülbelül egytizede a vérvétel költségeinek. A könny fehérjetartalmának 90%-át a könnymirigyek által nagy mennyiségben termelt lakrimális fehérjék teszik ki, például lipokalin-1, lipofilin, szekretált immunglobulin A, melyek nehézkessé teszik más fehérjék vizsgálatát. A szérum esetében lehetőség van a kis mennyiségben jelen lévő fehérjék vizsgálatára is, hiszen immunaffinitás kromatográfiás eltávolítással (depléció) megoldható a nagy mennyiségben termelődött fehérjék eltávolítása. Célunk depletált és nem depletált könnyminták fehérje tartalmának összehasonlítása volt, melyet tömegspektrometriás analízissel végeztünk el, kihasználva a készülék nyújtotta nagy érzékenységet valamint az analízishez szükséges kis minta mennyiség adta előnyöket. A minták fehérjetartalmának összehasonlítására izobár kémiai jelölést (iTRAQ) alkalmaztunk, melynek során a depletált és nem depletált könnymintákban lévő fehérjéket jelöltük meg. Az iTRAQ jelölő alkalmazásával lehetőségünk van a vizsgált mintában lévő fehérjék relatív mennyiségi meghatározására, ezáltal információt nyerhetünk az alkalmazott depléció hatékonyságáról és a kisebb mennyiségben jelen lévő fehérjékről.