Tüdő adenokarcinóma eredetű agyi metasztázis és glioblasztóma elkülönítése miRNS alapú expressziós profilozás alapján
Fájlok
Dátum
Szerzők
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
Absztrakt
A tüdődaganat a leggyakoribb felnőttkori primer daganattípus, amely az esetek körülbelül felében agyi metasztázissal (AM) társul. A tüdő adenokarcinóma (TA) a nem kissejtes tüdőrák leggyakrabban előforduló altípusa, amely magas áttétképződési hajlammal rendelkezik. Ezzel szemben a glioblasztóma (GBM) egy agresszív primer agydaganat, amely a felnőttkori agytumorok több mint 60%-át teszi ki. Jól ismert, hogy a GBM és a TA-AM morfológiai megjelenése számos esetben hasonlóságot mutat a konvencionális MRI felvételeken. Ezért kiemelten fontos olyan új biomarkerek azonosítása, amelyek segítségével a különböző agydaganattípusok megbízhatóan elkülöníthetők. A miRNS-ek daganatok diagnosztikájában betöltött szerepét széles körben vizsgálják, így az eltérő miRNS-expressziós mintázatok feltárása ígéretes lehetőséget kínál. Célunk egy olyan miRNS-panel azonosítása volt, amely megbízhatóan megkülönbözteti a TA-AM, a GBM és az ép agyszövet mintákat az eltérő expressziós mintázatok alapján. Az Illumina NextSeq 500 platformot (UD Genomed) alkalmazva 6 TA-AM, 6 GBM és 6 ép agyszövet miRNS-expressziós mintázatát vizsgáltuk Új Generációs RNS-szekvenálással. A totál RNS izolálását a miRNeasy Mini Kit protokollja szerint végeztük el. A kapott RNS-seq adatokat az IDEP.96 szoftverrel dolgoztuk fel, míg a miRNS-központú hálózatelemzést a miRNet-tel végeztük. Az NGS-eredmények alapján azonosított, szignifikáns expressziós különbséget mutató miR-375-3p, miR-200a-5p, miR-9-5p és miR-410-3p expresszióját RT-qPCR-rel (miRCURY LNA SYBR Green Kit – Qiagen) további 30–30 szövetmintán validáltuk. A statisztikai különbségek értékelését Mann–Whitney U teszttel, míg a diagnosztikai hatékonyságot EasyROC programmal határoztuk meg. Az RNS-seq elemzés 229 differenciálisan expresszálódó (DE) miRNS-t azonosított a TA-AM és az ép minták között, valamint 46-ot a TA-AM és a GBM összehasonlításában. A funkcionális annotáció alapján ezek a DE miRNS-ek a daganatképződés és a metasztázis fontos szabályozói. Az RT-qPCR-ral történő validálásra kiválasztott 2 upregulált (miR-375-3p, miR-200a-5p) és két downregulált (miR-9-5p és miR-410-3p) miRNS esetén igazoltuk, hogy szignifikáns különbséget mutatnak a TA-AM, GBM és kontroll minták között (p < 0,0001). Továbbá meghatároztuk a diagnosztikai hatékonyságukat (AUC > 0,8). Összegzésképpen elmondható, hogy potenciális biomarkerként egy négy miRNS-ből álló panelt sikerült összeállítanunk, amely lehetővé teszi a két vizsgálati csoport megbízható elkülönítését.