Mikroszatellita markerek alkalmazása kromoszóma-haplotípusok családi azonosítására 1-es típusú diabetes mellitus kapcsán

Abstract

Célunk a kromoszóma követéses vizsgálatok modellezése volt. Ehhez egy jól követhető, közepes méretű kromoszómát, a 6-os kromoszómát választottuk, melyen a legfontosabbnak számító MHC régió mellett számos egyéb, az IDDM-mel asszociálható lokusz helyezkedik el. DNS-markernek a kromoszómát jól lefedő 7 különböző mikroszatellita markert választottunk, melytől magas heterozigótasági arányt, és ezáltal az egyedi kromoszómajelölések megvalósíthatóságát vártuk kis egyedszám esetében is.A kísérlet során a család beteg és egészséges tagjaitól kért vérmintákból izoláltuk genomi DNS-üket, majd a vizsgálni kívánt lokuszokat fluoreszcensen jelölt primerek és PCR segítségével felszaporítottuk. A fragmenteket kapilláris gélelektroforézissel méret szerint elválasztottuk, majd egy kiértékelő szoftver segítségével megadtuk méretüket az egyes személyeknél. Az adatokat táblázatba foglalva összehasonlítást végeztünk a szülői és gyermeki fragmentméretekre, valószínűsítettük, hogy az adott utód mely allélját mely szülőtől kaphatta. A lehetséges crossing overek bejelölésével (mely során azok minimalizálására törekedtünk) haplotípusokat állapítottunk meg.Mind a vizsgálatra kiválasztott kromoszóma, mind a mikroszatellita markerek beváltották hozzájuk fűzött reményeinket, egy pár fős család esetében is képesek voltunk a lehetséges haplotípusok és crossing overek megállapítására.