Mikroszkópos képkiértékelő algoritmus implementálása fehérjediffúziós mérésekhez

Dátum
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
Absztrakt

A szakdolgozati témaválasztás során célom volt egy program készítése, mely automatizálja a Debreceni Egyetem Általános Orvostudományi Kar Biofizikai és Sejtbiológiai Intézetén belül működő Sejtbiológiai és Jelátviteli Kutatócsoport Sejtbiofizikai Csoportja munkatársai által lézerpásztázó konfokális mikroszkóppal készített felvételek elemzését. Célom volt, hogy a lehető legteljesebb körben elvégezzem a feladatok automatizálását, így mind a képek kiértékelésének folyamatát jelentősen rövidítsem, mind pedig a manuális lépésekből adódó esetleges bizonytalansági tényezőt kiküszöböljem. Ehhez egy MATLAB programot készítettem, mely programozási környezet számos beépített függvénnyel támogatja az ilyen jellegű képek betöltését és a kapott adatok megjelenítését, valamint a köztes számítások mátrix-jellege miatt mind fejlesztési, mind futási hatékonyság szempontjából igen jó platformnak bizonyult a feladat megoldásához. Ennek segítségével elkerülhetővé vált, hogy olyan komponenseket (pl. a Zeiss mikroszkópok LSM file-jait betölteni képes modult) kelljen fejlesztenem, amik magában az alkalmazott nyelvben már jó minőségben rendelkezésre állnak. A MATLAB környezet segítségével az elkészült program képes mind Windows, mind Mac OS X operációs rendszeren működni, ami az utóbbi rendszernek a kutatók közötti egyre rohamosabb terjedése miatt fontos volt. További előny, hogy az interpreteres működésnek és a viszonylag intuitív szintaxisnak köszönhetően a magas szintű ismeretekkel rendelkező felhasználók a program már kész elemeit felhasználva tudnak tetszőleges további számításokat elvégezni, így a program használhatósága lényegesen javul az ilyen jellegű felhasználók számára. Sikeresen elkészítettem azokat a különböző kimeneti lehetőségeket, melyek segítségével elérhető, hogy akár a mindennapi munkához és a paraméterek finomításához szükséges durva ábrák, akár a tudományos előadások ill. közlemények szerkesztéséhez szükséges jó minőségű ábrák is egyszerűen, néhány kattintással elkészíthetőek legyenek. Az eredeti célkitűzések közül mindösszesen egy lényeges célkitűzés nem valósult meg, ez pedig az, hogy magának a FRET hatásfoknak a számítása is az elkészített programon belül történjen meg. Ugyan a legegyszerűbb, és a változások követésére alkalmas ratiometrikus FRET-számítás implementálásra került, a bonyolultabb FRET-számító algoritmusok implementálására nem volt lehetőségem. Minden esetre a program moduláris szerkezete lehetővé teszi, hogy ezek az algoritmusok a későbbiekben könnyen implementálhatóak legyenek, és ezt tervezem is a témavezetőimmel közösen. Összességében úgy látom, hogy az általam készített program a FRET-képek elemzésének lényeges lépéseit automatizálja, így leveszi a terhelést az ezeket a képeket értékelő kutatók válláról, valamint csökkenti a kézi adatbevitel és számítás miatti bizonytalanságot. A témavezetőimmel történt egyeztetés alapján a programot hamarosan használatba fogják venni a napi munka során, ahol mindezen előnyök megmutatkozhatnak, az esetlegesen meglévő hiányosságok javítására pedig további együttműködés keretében kerülhet sor.

Leírás
Kulcsszavak
FRET, konfokális mikroszkóp, képkiértékelő algoritmus
Forrás