A legideálisabb állapotban mindent tudnánk az agrárágazatról, de sajnálatos módon az erőforrás-kapacitások korlátozottsága miatt ez egy lehetetlen cél. Így elsősorban arra kell törekednünk, hogy egyfajta prioritást felállítva, csak a megfelelő adatokat, a megfelelő módon gyűjtsük, dolgozzuk fel, tároljuk és értékeljük. Ahhoz, hogy összehasonlíthassuk az információs rendszerek adatait, majd pedig belőlük következtetéseket vonhassunk le,szükségünk van arra, hogy egymás kiegészítő, semmiképp sem ellentmondó, konzisztens adatokat álljanak rendelkezésünkre. Amennyiben a módszertan eltérő sok esetben ellehetetlenedik vagy igen körülményessé válik az adatok további használata. Évről évre változó tendenciát nem lehet vizsgálni (pl.: GSZÖ- mezőgazdasági foglalkoztatás). Ráadásul az áttekinthetőség hiánya már a felkutatást is nagymértékben nehezítheti. Mindemellett több esetben csak részlegesen érhetőek el az adatok. Indoklás nélkül, vagy akár azzal is, a laikus felhasználó számára bonyolulttá válhat az információk bármilyen egzakt felhasználása, hiszen ilyen esetekben legfeljebb becslésekre hagyatkozhatunk. Végezetül jelentős kihívást jelent az adatok eredetének kezelése. A két fő szerv (Központi Statisztikai Hivatal, és Agrárgazdasági Kutató Intézet) adatbázisai között gyakran átfedés, kölcsönös adathasználat van, azaz vertikális és horizontális megosztás. A származtatott adatok meglehetősen bonyolítják a nyomon követhetőséget, nagymértékben növelik az anomáliák és redundáns adatok esélyét. Ebből következnek az olyan esetek, amikor az adatbázisok ellentmondanak egymásnak, és szinte lehetetlen meghatározni melyik adat a pontos(abb).