A kárpát-medencei cryphonectria parasitica (murrill.) Barr szubpopulációk molekuláris biológiai összehasonlító vizsgálata

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorRadócz, László
dc.contributor.authorGörcsös, Gábor
dc.contributor.departmentHankóczy Jenő növénytermesztési és kertészeti tudományok doktori iskolahu
dc.date.accessioned2016-01-13T14:29:18Z
dc.date.available2016-01-13T14:29:18Z
dc.date.created2016hu_HU
dc.date.defended2016-01-27
dc.description.abstractA kutatásunk alaptémáját szolgáltató szelídgesztenye kéregrák C. parasitica kórokozó gombafaj Kárpát-medencei populációinak részletes feltérképezése kulcsfontosságú az ellene való védekezés megszervezésében. A vegetatív kompatibilitási tesztek elvégzése után sikerült olyan vegetatív kompatibilitási csoportok jelenlétét kimutatni, amelyek eddig nem voltak megtalálhatóak az adott populációban. Az ukrajnai és a nagybányai termőterületeken megjelent új EU-13 vegetatív kompatibilitási csoport a 2006-ban elvégzett felmérések eredményei szerint még nem volt jelen. A vizsgálatba vont szelídgesztenye kéregrák minták tef1 és ITS szekvenciáit felhasználva megkíséreltük meghatározni a különböző termőrégiók populációinak genetikai távolságát. Az összehasonlításban szereplő 65 tef1 szekvenciából generált eredmények azt támasztották alá, hogy a tef1 génszakasz által megrajzolt filogenetikai törzsfa nem mutatott markáns különbségeket a vizsgált populációk között, nem alakultak ki a különböző kládok. Az összehasonlítás alapját a saját gyűjtésből származó 85 C. parasitica ITS szekvencia, valamint 46 közeli rokon Cryphonectria, Endothia és Endothiella fajoktól származó szekvencia képezte. A kapott törzsfán jól látható volt hogy, a minták függetlenül attól, hogy azok saját gyűjtésből vagy az adatbankból származtak, külön csoportokat alkottak, és elkülönültek a közeli rokon fajoktól. Ezek alapján az ITS filogenetikai marker a C. parasitica esetében mint identifikálást segítő génszakasz jól alkalmazható, de a fajon belüli populációk változására nem megfelelő érzékenységgel reagál. A C. parasitica gombafaj genomjából 6 mikroszatellitet amplifikáltunk, és a gélelektroforézis során kapott fragmenthosszúság alapján elvégeztük a populációk összehasonlítását. A kapott eredmények statisztikai elemzését követően megállapítottuk, hogy a felhasznált mikorszatellitek segítségével a portugál minták mint a legnagyobb földrajzi távolsággal bíró minták jól elkülönültek a Kárpát-medencei és a Balkán-félszigetről származó mintáktól. Az általunk vizsgált filogenetikai markerek közül a mikroszatellitek mutatták a legnagyobb érzékenységet a szelídgesztenye kéregrák C. parasitica különböző populációinak genetikai variabilitására.hu_HU
dc.description.abstractThe detailed analysis of populations of chestnut bright pathogen fungus species C. parasitica in the Carpathian Basin that is the core subject of the present research work is a key step for the organisation of the defence measurements against the disease. Samples collected in the territory of the Carpathian Basin were compared with samples of populations of Balkans (Macedonian, Greek and Bulgarian) and Portuguese origin. During the execution of vegetative compatibility tests the presence of vegetative compatibility groups could be confirmed that were not identified previously in the given population. The vegetative compatibility group EU-13 detected in the production regions in Ukraine and in the surroundings of Baia Mare were not identified in the previous monitoring executed in 2006. According to the thorough analysis of relative literature data the application of tef1 and ITS molecular markers in the present research analyses proved to be obvious. Based on the analysis of tef1 sequences of chestnut blight samples involved in this research work the genetic distance between the populations of different production region was attempted to be determined. The results obtained based on 65 tef1 sequences involved into the comparison confirmed that, because the drawn phylogenetic tree did not show strong differences between the analysed populations, no different clades could be formed. Therefore the tef1 phylogenetic marker is not an applicable gene fragment for identification in case of C. parasitica, so its use is not recommended. 85 C. parasitica ITS sequences of own collection, just as 46 sequences of the close relative Cryphonectria, Endothia and Endothiella species were the basis of the comparison, According to the phylogenetic tree drawn it can be stated that independently from their sampling origin (own collection or data bank) samples formed distinct groups and could be separated from the close relative species. Therefore the ITS phylogenetic marker is an applicable gene fragment for identification in case of C. parasitica, however it does not show adequate sensitivity towards the changes of populations within a species. During the comparative analyses the applicability of microsatellite markers was tested beside the two genetic markers mentioned above. The common and large-scale applicability of microsatellites in phylogenetic and population-genetic analyses is enabled by the fact that they can be amplified very easily, they are not subjected to selection pressure and they can be found in high quantity in the genome. 6 microsatellites from the genome of the fungus species C. parasitica were amplified and used for the comparison of populations on the basis of fragment length provided by gel electrophoresis. According to the statistical evaluation of the obtained results it can be stated that Portuguese samples – as samples characterized by the longest geographical distance – could be clearly separated from the samples from the Carpathian Basin and the Balkans using the involved microsatellites. The phylogenetic tree drawn according to the BAPS analysis and the UPGMA method referred to the location of populations more exact than as observed in case of the genetic markers tef1 and ITS. Among the phylogenetic markers studied in this present research work the highest sensitivity for the genetic variability of different chestnut blight C. parasitica populations was observed in case of the analysis of microsatellite markers.hu_HU
dc.description.correctorde
dc.format.extent154hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/221185
dc.language.isohuhu_HU
dc.language.isoenhu_HU
dc.subjectCryphonectria parasiticahu_HU
dc.subjectNövénytermesztési és kertészeti tudományok Agrártudományokhu_HU
dc.subjectszelídgesztenye kéregrák
dc.subjectvegetatív kompatibilitás
dc.subjecttef1
dc.subjectITS
dc.subjectmikroszatellit
dc.subjectchestnut blight
dc.subjectvegetative compatibility
dc.subjectmicrosatellite markers
dc.subject.sciencefieldAgrártudományokhu
dc.titleA kárpát-medencei cryphonectria parasitica (murrill.) Barr szubpopulációk molekuláris biológiai összehasonlító vizsgálatahu_HU
dc.title.translatedComparative molecular biology analysis of cryphonectria parasitica (murrill) Barr subpopulations in the carpathian basinhu_HU
Fájlok
Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)
Megjelenítve 1 - 3 (Összesen 3)
Nincs kép
Név:
Gorcsos_Gabor_doktori_ertekezes.pdf
Méret:
6.75 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
értekezés
Letöltés
Nincs kép
Név:
Gorcsos_Gabor_magyar_nyelvu_tezis.pdf
Méret:
1.59 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
magyar tézis
Letöltés
Nincs kép
Név:
Gorcsos_Gabor_angol_nyelvu_tezis.pdf
Méret:
1.57 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
angol tézis
Letöltés
Engedélyek köteg
Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
Nincs kép
Név:
license.txt
Méret:
1.93 KB
Formátum:
Item-specific license agreed upon to submission
Leírás:
Letöltés
Gyűjtemények
Hankóczy Jenő Növénytermesztési és Kertészeti Tudományok Doktori Iskola