Kromoszómális R-hurkok a térbeli genomszerkezetben
Dátum
Authors
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
DOI
Absztrakt
Az irodalmi adatok alapján az Nodulin homeobox (Ndx) fehérje egy R-hurok szabályozó fehérje az FLC gén területén, amely specifikusan kötődik az R-hurok szimplaszálú DNS-éhez és stabilizálja a struktúrát. Az Ndx fehérje és R-hurkok kapcsolatát vizsgáltuk a genomon belül, melyet a lúdfű genom újgenerációs szekvenálási módszerekkel való vizsgálatával érünk el. A lúdfű genom DRIP-seq és ChIP-seq vizsgálatával nem találtunk egyértelmű bizonyítékot az Ndx fehérje és az R-hurkok kapcsolatára, így kísérleteinkben az Arabidopsis genom 3D vizsgálatával térben feltérképeztük a lehetséges intra- és interkromoszómális kapcsolatokat, melyet Hi-C (genom konformáció leképezés) segítségével végeztünk el. Ezután térstatisztikai módszerekkel megvizsgáltuk, hogy az R-hurkok elhelyezkedése a genomban eltér-e a véletlen eloszlástól, illetve bizonyos helyeken előfordulásuk gyakoribb-e más régióhoz és az Ndx fehérje kötőhelyeihez képest.