Szájüreg mikrobiom bioinformatikai és biostatisztikai elemzése 16S rRNS gén Nanopore szekvenálási adatok alapján
Fájlok
Dátum
Authors
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
DOI
Absztrakt
A mikrobiomkutatás napjaink egyik legfontosabb tudományos irányvonala. Szakdolgozatomban az orális mikrobióta összetételét és annak eltéréseit vizsgáltam egészséges kontroll, valamint xerostomia és hyposalivatio betegcsoportokban. Összesen 53 szájnyálkahártya-mintából izolált teljes hosszúságú 16S rRNS gén amplikont szekvenáltunk Oxford Nanopore MinION platformon, majd az Emu szoftverrel fajszintű taxonómiai besorolást végeztünk. Az alfa-diverzitást Shannon- és Simpson-indexszel, a béta-diverzitást CLR-transzformált euklideszi távolság és PCoA alapú PERMANOVA/PERMDISP tesztekkel vizsgáltuk. Eredményeink szerint a xerostomiás csoport mikrobiótája szignifikánsan elkülönült a kontrollétól (p<0.001), míg a hyposalivatio és kontroll csoportok közötti különbség mérsékelt, de szignifikáns volt (p<0,05). Ezek az eredmények hozzájárulnak a szájszárazság mikrobiótára gyakorolt hatásának megértéséhez, és megalapozzák a jövőbeni, helyspecifikus és longitudinális vizsgálatokat.