A görög karsztvipera (Vipera ursinii graeca) fekális mikrobiótájának metagenom analízise

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorTartally, András
dc.contributor.advisorLengyel, Szabolcs
dc.contributor.authorKardos, Gábor
dc.contributor.departmentDE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai Intézethu_HU
dc.date.accessioned2016-05-12T12:27:37Z
dc.date.available2016-05-12T12:27:37Z
dc.date.created2016
dc.description.abstractA munka célja a gasztrointesztinális mikrobióta összetételének és diverzitásának vizsgálata Európa egyik legszűkebb elterjedésű, potenciálisan veszélyeztetett kígyója, a görög karsztvipera (Vipera ursinii graeca, Nilson és Andrén, 1988) esetében. A vizsgált faj a Pindosz hegységrendszer (Észak-Görögország, Dél-Albánia) hegyeinek alhavasi gyepeiben él, és elsősorban egyenesszárnyúakkal táplálkozik. Kis elterjedési területe illetve antropogén hatások és a globális felmelegedés miatt szűkülő élőhelye miatt veszélyeztetett. A faj minél alaposabb megismerése tehát a későbbi fajvédelmi programok szempontjából fontos cél. A munka során két populációból gyűjtött három egyed bélsármintájából végeztük el az eubakteriális metagenom analízisét Illumina Nextseq készülékkel. A metagenomok alfa diverzitását phylum, osztály, család, genus és species szinten Shannon és Simpson diverzitási indexekkel jellemeztük, a béta diverzitás jellemzése a jelentősen eltérő taxonszámok miatt az egyes metagenomok diverzitási profiljainak összehasonlításával történt a PaSt statisztikai szoftvert alkalmazva. Mindhárom mintában a Bacteroidetes, Proteobacteria és Firmicutes kládok dominanciája volt jellemző, de ezek egymáshoz képest eltérő arányokban voltak jelen. A Bacteroides spp. és a Gammaproteobacteria divízió különböző tagjai valószínűleg a vizsgált faj gasztrointesztinális mikrobiótájának állandó tagjai. A TRE mintában a Proteobacteria, a másik kettőben a Bacteroidetes volt a domináns phylum. A diverzitások a genus szintjét kivéve minden taxonómiai szinten alacsonyabbak voltak a TRE minta esetében. A Bacteroidetes kládon belüli diverzitás mindhárom metagenomban egyforma volt, a Firmicutes diverzitása ezzel szemben mindhárom esetben különböző volt. A Proteobacteria diverzitás a LU2 minta esetében magasabb volt mint a másik két minta esetében. A domináns phylumok mellett növényzettel, talajjal és a zsákmánnyal asszociált baktériumok szekvenciáit is megtaláltuk, így cyanobakteriális és ízeltlábú endoszimbionta baktériumok jelenlétét is kimutattuk. Alacsony arányban kígyó- (Anaplasma, Aeromonas, Pseudomonas, Salmonella, Francisella, Coxiella) és emlőspatogén (Salmonella, Francisella, Coxiella, Pasteurella, Histophilus) baktériumok szekvenciáit is megtaláltuk. A három metagenom közötti eltérések adódhatnak a kígyók eltérő kondíciójából, pillanatnyi tápláltsági állapotából, illetve az állatok egyéni változatosságából, de a kígyók élőhelyének hatása sem zárható ki. Az eredmények kiindulási alapot szolgáltatnak egy nagyobb mintaszámon alapuló, az élőhelyi változatosságot és egyéb potenciális magyarázatokat is figyelembe vevő vizsgálathoz.hu_HU
dc.description.correctorgj
dc.description.courseBiológus levelező MSchu_HU
dc.description.degreeMSc/MAhu_HU
dc.format.extent49hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/227211
dc.language.isohuhu_HU
dc.subjectsnakehu_HU
dc.subjectintestinal microbiotahu_HU
dc.subjectnext generation sequencinghu_HU
dc.subjectBacteroideteshu_HU
dc.subjectProteobacteriahu_HU
dc.subjectFirmicuteshu_HU
dc.subjectdiversityhu_HU
dc.subject.dspaceDEENK Témalista::Biológiai tudományokhu_HU
dc.titleA görög karsztvipera (Vipera ursinii graeca) fekális mikrobiótájának metagenom analízisehu_HU
Fájlok
Gyűjtemények
Hallgatói dolgozatok (Természettudományi és Technológiai Kar)