RAPD-fingerprinting módszer alkalmazhatósága és korlátai hibrid élesztők vizsgálatában

Abstract

Az élesztők részt vesznek számos ipari és mezőgazdasági folyamatban. Kiemelkedő képviselőik a Saccharomyces-fajok, melyeknek a vizsgálatával foglalkoztam. Nem csak a cerevisiae, uvarum és kudriavzevii fajokkal, de ezen fajok hibridjeivel is sikerült elvégeznem különböző kísérleteket. Célul tűztem ki a RAPD-fingerprinting módszer elsajátítását és a technika segítségével a különböző hibridek és szülőfajaik közötti rokonság megállapítását. Kezdetben a kiválasztott Saccharomyces-törzseket különböző táptalajokra oltottam át, majd fenntartottam azokat megfelelő körülmények között. Ezt a DNS izolálás követte, amelynek segítségével a genomi DNS-t kivontam az élesztősejtekből. Ezután összeállítottam a PCR mixet, amely különböző, a PCR-hez szükséges anyagokat, valamint a felszaporítandó DNS-t tartalmazta. A program összesen 2 órát vett igénybe, amely idő alatt megtörtént a denaturálás, primerkapcsolódás, DNS szintézis és lánchosszabbítás. A PCR-t két különböző, egy M13-as és egy (GTG)5-ös primerrel végeztem el. A gélelektroforézis során megtörtént a felszaporított fragmentumok detektálása és elválasztása, végül a gélekről készült digitális képeket kiértékeltem. A képek alapján bináris táblázatokat készítettem és azok segítségével dendogramokat csináltam. A kísérletek során jól analizálható mintázatokat kaptam. Sikeresen elkülöníthetővé váltak a hibridek a szülőfajoktól, valamint megállapíthatóvá vált a hármas hibridek eredete is. A RAPD segítségével kiválaszthatóvá váltak a sok ill. kevés változáson átesett hibrid genomok is.A módszer hátránya is megmutatkozott az elemzések során, azaz, hogy a hibrid törzsek szülőkkel való genetikai rokonsági fokáról csak keveset árul el. A RAPD-módszer segítségével sikerült megvizsgálnom a rokonsági kapcsolatot az adott Saccharomyces-fajok között, valamint az élesztőhibridek genetikai vizsgálata során megállapíthattam a technika előnyeit és hátrányait.